(조세금융신문=고승주 기자) 폐업연도에 중소기업 특별세액감면이 허용된다는 행정심판 결정이 나왔다.

 

서울지방국세청이 2024년도에 했던 업무감사 결과를 뒤집는 결정인데, 현재 상황으로는 세무시장에 꽂힌 가시가 빠진 셈이 됐다.

 

조세심판원은 최근 폐업한 주택 분양 업자 A씨가 폐업연도에 중소기업 특별세액감면을 적용하지 않는 건 부당하다며 제기한 종합소득세 부과처분을 취소해달라며 제기한 심판청구에서 A씨의 청구 인용 결정을 내렸다.

 

심판원은 “조세특례제한법 제7조에선 사업을 폐업한다고 하여 중소기업 특별세액감면이 배제되는 것으로 명시하고 있지 아니한 점, 행정당국이 중소기업 결손금 소급공제나 폐업한 연도에도 감면을 받을 수 있다고 행정당국이 유권해석한 점 등에 비추어 폐업했다는 이유만으로 쟁점감면 적용을 배제하여 종합소득세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다”고 밝혔다.

 

A씨는 2017년 9월 1일 주택신축판매업을 개업해 분양 활동을 하다가, 분양 완료 후 2020년 10월 13일 해당 사업을 폐업했다.

 

A씨는 조세특례제한법 상 중소기업 특별세액감면을 적용해서 종합소득세를 신고했는데, 사업을 폐업한 2020년에도 해당 감면을 적용한 것이 문제가 됐다.

 

원래 처음 신고를 받은 세무서에서는 감면이 허용된다고 판단했지만, 서울국세청이 해당 세무서에 교차감사를 하면서 상황이 달라졌다.

 

서울국세청은 사업이 유지되는 동안은 감면을 주는 게 맞지만, 폐업했을 때까지 감면을 주라는 건 법 취지에 맞지 않다며, 감면 적용을 제외한 2020년분 종합소득세를 부과하도록 했다.

 

A씨는 법에는 폐업연도에 감면을 주지 말라는 내용이 없고, 자신이 2020년도에 사업장을 폐업하긴 했지만, 그건 분양완료가 돼서 폐업할 수밖에 없어서 폐업한 것이고, 다른 지역 사업장에서 계속 분양 사업을 하고 있으니, 계속 동종 사업을 하고 있으니 감면대상이 되어야 한다며 그 근거로 대법 2014두38927 판결을 제시했다. 대법 2014두38927 판결은 세법 적용시 인별 기준으로 판단하라는 내용이었다.

 

서울국세청에서는 이에 대법 2020두40518 판결 등을 제시했다.

 

대법 2020두40518을 보자면, 폐업연도에 중소기업 특별세액감면제도를 적용할 수 있는지가 쟁점인데, 해당 판결은 적용할 수 없다고 판단했다.

 

이유는 크게 세 가지인데 ▲첫째, 해당 제도의 취지가 중소기업을 육성시키기 위함이고 ▲둘째, 육성은 기업이 세금 감면 줘서 얻은 이익을 재투자할 때 이뤄지는 것이며 ▲셋째, 조세특례제한법은 특례를 제한한다는 법제 특성에 따라 엄격해석원칙이 적용되기에 폐업해서 실체가 사라진 경우 혜택을 줄 수 없다고 판단하는 게 맞는다는 것이었다.

 

해당 사건은 2016년 귀속 종합소득세가 쟁점이었다.

 

하지만 심판원의 판단은 달랐다.

 

사실 이 문제의 발단은 사후관리 요건의 폐지에서 발생했는데, 본래 중소기업 특별세액감면에는 145조 4, 5항에 감면받은 세액을 사업에 계속 쓰도록 의무화하는 요건이 있었다.

 

그게 2002년 12월 11일 폐지되면서 폐업연도에 중소기업 특별세액감면 신청할 수 있는 중요한 계기가 됐다.

 

그런데 서울국세청이 2024년에 교차감사를 하면서 폐업연도 감면을 받아주지 말라면서 그 근거로 대법 2020두40518 판결 등을 갖고 왔는데, 시점상 사후관리 폐지 후의 사건에 대한 판단이었기에 감사대상 세무서 입장에선 반박하기 어려웠다.

 

또한, 서울국세청은 서울고법 2019누65162 판결 등을 가져와서 법원에서는 중소기업이 폐업한 연도에는 쟁점감면을 배제하는 것으로 판단한다고 주장했다.

 

심판원은 입법 취지를 고려한 대법 판단과 달리, 법문에 쓰여 있는 요건과 행정기관의 행위를 중심으로 판단했다.

 

조특법상 중소기업 특별감면세액 요건을 보면 폐업 연도에 주지 말라는 조항은 쓰여 있지 않고, 중소기업기본법이나 조특법에선 중소기업 혜택에 대한 유예규정을 주고 있고, 국세청과 기재부(현 재경부)에서 예규 등 유권해석을 통해 폐업연도에도 특별세액감면을 주었다는 행위를 문제삼았다.

 

그리고 중소기업 특별세액감면 사후관리 요건 폐지의 사유가 기업의 재무구조개선 및 설비투자 등에 사용하지 않아도 기업 자금운용에 대한 자율성을 높여주는 것이라고 밝힌 것을 미루어 보아 폐업연도에도 중소기업 특별세액감면이 가능하다고 판단했다.

 

심판원 결정 이후 조심 2024소5819 등 관련 사건들은 줄줄이 인용결정이 나고 있고, 국세청은 폐업연도에도 감면을 내주지 않을 수 없게 됐다.

 

당국입장에선 행정심판에서 막히면, 해석으로 풀 여지가 거의 없어진다.

 

서울국세청 감사 이전처럼 특별세액감면을 주거나, 법제 정비를 하는 것 외에 없다.

 

 

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