(조세금융신문=이재홍 세무사) 「조세특례제한법」 제97조3에서는 장기일반민간임대주택(종전 준공공임대주택을 말함)으로 주택임대등록 후 8년 이상 임대 시 50%, 10년 이상 임대 시 70%(2023.1.1. 이후에 등록한 경우에는 10년 이상 임대 시에만 70%)의 장기보유특별공제를 적용한다.

 

최근 임대주택을 양도하고 해당 특례의 적용여부를 문의하는 사례가 부쩍 늘었다. 해당 특례의 요건 및 계산이 복잡하므로 사전에 검토하는 것이 필수이다. 이하에서는 「조세특례제한법」 제97조3에 대한 모든 것을 설명하고자 한다.

 

1. 특례요건

 

① 거주자인 경우에 적용된다.

 

② 매입임대주택을 장기일반민간임대주택으로 2020.12.31.까지 등록한 경우 및 건설임대주택을 장기일반민간임대주택으로 2027.12.31.까지 등록한 경우에 적용한다.

 

이때 2020.7.11. 이후 아파트로서 민간매입임대주택을 장기일반민간임대주택으로 등록 신청한 경우 및 2020.7.11. 이후 단기민간임대주택(4년)을 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외한다.

 

③ 「소득세법」 제168조에 따른 사업자등록을 하여야 한다.

 

④ 장기일반민간임대주택의 임대개시일부터 10년 이상 임대하여야 한다. 다만, 2022.12.31. 이전에 등록한 경우에는 8년 이상 임대하여야 한다.

 

⑤ 임대보증금 또는 임대료의 증가율이 5%를 초과하지 않아야 한다. 이 경우 임대차계약 체결 또는 임대료 증액 후 1년 이내 재증액은 불가하다. 즉, 임대료등 증액 청구는 5% 이내라도 “㉠직전 임대차계약 체결” 또는 “㉡약정한 임대료등의 증액”이 있은 후 1년 이내에는 하지 못함에 특히 주의해야 한다(사전법규소득 2026-113, 2026.3.11.).

 

⑥ 국민주택규모 이하의 주택(해당 주택이 다가구주택일 경우에는 가구당 전용면적을 기준으로 한다)이어야 한다.

 

⑦ 2018.9.14. 이후 취득한 주택의 경우 장기일반민간임대주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 않아야 한다.

 

2. 특례내용

 

주택임대등록 후 8년 이상 임대 시 “임대기간 중에 발생한 양도차익”에 대하여 50%의 장기보유특별공제를 적용하며, 10년 이상 임대 시에는 70%의 장기보유특별공제율을 적용한다. 한편, 2023.1.1. 이후 등록분부터는 10년 이상 임대하는 경우에 한하여 70%의 장기보유특별공제율을 적용하는 것으로 개정하였다.

 

3. 임대등록 후 임대한 기간에 대한 양도차익 계산

 

특례를 적용함에 있어서 주의할 점은 전체 보유기간에 대한 양도차익 중에서 “임대등록 후 임대한 기간의 양도차익”에 대해서만 50%(70%)의 장기보유특별공제율을 적용한다는 점이다.

 

임대기간의 계산에 관하여는 「소득세법」 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 장기일반민간임대주택 등으로 등록하여 임대하는 날부터 계산한다. 즉, 셋 중에 가장 늦은 날을 임대개시일로 계산한다.

 

또 임대기간 종료일의 기준시가를 적용함에 있어서 폐지유형으로서 자동말소되는 아파트 장기일반민간임대주택의 경우 말소일 현재의 기준시가를 적용하되, 임대등록 후 8년이 지난 시점에 자동말소처리된 경우에는 말소처리일이 아닌 8년이 되는 시점에 말소된 것으로 보아 기준시가를 적용해야 한다고 판단된다.

 

“임대기간 중 양도차익”은 기준시가를 기준으로 다음 계산식에 따라 산정한다.

 

 

더불어 아파트가 아닌 경우 양도차익 계산은 물건별로 계산하는 것이 원칙이므로 위 산식의 “임대기간 중 양도차익”도 물건별로 계산해야 할 것으로 보인다. 예를 들어 개별주택의 경우 토지와 건물로 양도차익을 안분하고, 개별주택가격을 토지와 건물로 안분하여 각각 “임대기간 중 양도차익”을 계산해야 할 것으로 보인다.

 

한편, “임대기간 이외의 기간에 대한 양도차익”은 다주택중과 대상이 아닌 일반 과세대상 주택이라면 취득일부터 양도일까지 기간에 해당하는 표1(보유기간×2%, 한도 30%)의 장기보유특별공제율을 적용한다.

 

4. 단기임대에서 장기임대로 전환한 경우 임대기간 계산

 

단기임대주택에서 장기일반민간임대주택으로 전환된 경우 “임대개시일의 기준시가”는 단기임대주택의 임대기간임에도 장기일반민간임대주택의 임대기간으로 인정되는 기간만큼을 장기임대로 전환한 시점으로부터 역산하여 계산한 시점의 기준시가를 말한다(사전법규재산 2021-1563, 2023.6.1.).

 

한편, 단기임대주택의 임대기간임에도 장기일반민간임대주택 등의 임대기간으로 인정되는 기간은 변경등록일이 언제인지에 따라 다음과 같이 계산한다.

 

① 2019.2.11. 이전 변경등록한 경우: 기존 단기로 임대한 기간의 50%(최대 5년 한도)를 장기일반민간임대주택의 임대기간으로 인정한다.

 

② 2019.2.12.~2020.7.10.까지 변경등록한 경우: 의무임대기간인 4년(2015.12.28. 이전 등록한 매입임대주택은 5년)을 한도로 “기존 단기로 임대한 기간 전체”를 장기일반민간임대주택의 임대기간으로 인정한다. 다만, 2019.2.12. 현재 단기임대주택을 8년 초과하여 임대한 경우 종전규정에 따라 계산한다.

 

5. 자동말소로 의무임대기간 8년을 충족하지 못한 경우에도 적용

 

아파트를 장기일반민간임대주택(8년)으로 먼저 임대등록하고, 일정기간이 지나서 임대를 개시한 경우 지방자치단체에서는 임대등록한 날을 기준으로 8년이 되는 시점에 자동말소처리 되기 때문에 임대개시일부터 말소일까지 실제 임대기간이 8년이 되지 않을 수 있다.

 

이 경우 (구) 「조세특례제한법 시행령」 제97조의3 제2항 2호 및 유권해석(사전법규재산 2024-768, 2024.12.31.)에서는 장기일반민간임대주택(아파트)이 자동말소된 경우에는 8년의 임대기간을 충족한 것으로 보아 “임대기간 중 양도차익”에 대해 50% 장기보유특별공제율 적용한다.

 

6. 임대료 5% 초과 증액제한이 되는 최초 계약

 

임대료 5% 초과 증액제한의 기준이 되는 최초의 계약은 다음과 같다.

 

① 장기일반민간임대주택으로 “등록한 후 작성한” 표준임대차계약을 최초의 계약으로 보아 임대료 증액 제한 기준을 판단한다(기획재정부재산-527, 2018.6.18.)

 

② 「(구)임대주택법」에 따른 매입임대주택(단기임대)으로 등록하여 임대차계약에 따라 임대하다 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 장기일반민간임대주택으로 변경 등록한 경우에는 장기일반민간임대주택으로 “등록 당시 존속 중인” 표준임대차계약을 최초의 계약으로 보아 임대료 증액 제한 기준을 판단한다(사전법령해석재산 2019-305, 2019.10.31.).

 

7. 매입임대주택을 2020.12.31. 이전 분양권 상태에서 임대등록한 경우

 

매입임대주택은 2020.12.31.까지 장기일반민간임대주택으로 등록한 경우에 특례가 적용되는데 거주자가 분양권 상태에서 2020.12.31.까지 민간임대주택법에 따른 장기일반민간임대주택으로 등록하고, ｢조세특례제한법｣ 제97의3 ①의 요건을 갖추어 그 주택을 양도시 해당 특례가 적용 된다(서면법규재산 2021-8203, 2023.2.13.). 다만, 2020.7.11. 이후 아파트를 장기일반민간임대주택으로 등록 신청하거나 단기민간임대주택을 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외된다.

 

8. 임대의무기간 경과 후에는 임대요건 등을 준수하지 않아도 특례가 적용됨

 

｢조세특례제한법｣ 제97의3 제1항에 따른 장기일반민간임대주택 등을 요건을 모두 충족하고 의무임대기간 동안 계속하여 임대한 후 양도하는 경우, 양도일 현재까지 쟁점주택을 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣상 장기일반민간임대주택 등으로 등록하여 임대하고 있지 않은 경우에도 특례를 적용받을 수 있다(서면법규재산 2021-8062, 2022. 3.16.).

 

즉, 의무임대기간 충족 이후에는 주택임대등록을 유지해야 하는지, 양도일까지 계속 임대하고 있어야 하는지, 양도일까지 임대료 증액상한(5%)을 준수해야 하는지, 임대 이외 목적으로 사용해도 되는지를 따지지 않는다.

 

9. 기타 주의할 점

 

① 2인 이상이 공동으로 소유하는 주택의 경우 공동 명의로 1호 이상의 주택을 임대등록하고 각각의 공동사업자가 ｢조세특례제한법｣ 제97조의3 제1항 각호의 요건을 모두 충족한 경우 소유한 지분의 양도로 인해 발생하는 양도차익은 ｢조세특례제한법｣ 제97조의3에 따른 양도소득세 과세특례가 적용된다고 보고 있다(기획재정부재산-766, 2020.9.3.).

 

② 민간임대주택법상 민간임대주택의 주택부분과 부수토지의 소유자가 다른 경우 주택부분만(부수토지 제외) 과세특례를 적용할 수 있다(기획재정부조세정책-2527, 2023.12.27.).

 

③ 전 배우자로부터 재산분할을 원인으로 장기임대주택을 취득한 경우 「조세특례제한법」 제97조의3 및 제97조의5를 적용할 때 해당 장기임대주택의 임대기간 계산시 전 배우자의 임대기간은 합산할 수 없다(서면법규재산 2023-3481, 2025.3.10.).

 

④ 주택에 대한 매매계약을 체결하고, 그 매매특약에 따라 잔금청산 전에 주택을 상가로 용도변경한 경우 양도물건의 판정방법에 관하여는 재정경제부 해석사례(재산세제과-1322, 2022.10. 21.)에 따라 판단한다(서면법규재산 2021-1411, 2022.12.28.). 즉, 양도일 현재 상가이므로 주택을 양도하는 경우에 적용되는 ｢조세특례제한법｣ 제97조의3은 적용되지 않는다고 보았다.

 

⑤ 거주자가 8년 이상 임대한 장기일반민간임대주택이 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제6조 제5항에 따라 등록이 말소된 이후 ｢도시 및 주거환경정비법｣상 재건축사업에 따른 관리처분계획인가에 의해 조합원입주권으로 전환된 상태에서 그 조합원입주권을 양도하는 경우 ｢조세특례제한법｣ 제97조의3의 적용이 가능하다(서면법규재산 2023-2731, 2023.11.30.). 다만, 임대기간 중에 발생한 양도차익 계산은 “관리처분계획인가 전 양도차익에 한정”한다.

 

⑥ 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가후 멸실 전 주거용으로 계속 임대한 기간을 합산하여 의무임대기간을 산정한다. 다만, 입주권을 양도하는 경우이므로 임대기간 중에 발생한 양도차익 계산은 “관리처분계획인가 전 양도차익에 한정”한다(사전법규재산 2025-1012, 2025.11.28.).

 

⑦ 거주자별로 적용되는 ｢조세특례제한법｣ 제97의3과 관련하여 2020.7.11. 이후 부인이 남편으로부터 아파트형 장기일반민간임대주택을 증여받아 취득한 경우로서, ｢민간임대주택에 관한 특별법｣상 “임대사업자의 지위를 포괄승계 받은 경우에도” 쟁점특례를 적용받을 수 없다(기획재정부재산-954, 2024.8.19.).

 

⑧ 1세대가 국내에 1주택 이상을 보유한 상태에서 2018.9.14. 이후 새로 취득한 조정대상지역에 있는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택은 의무임대기간을 충족했어도 「소득세법 시행령」 제167조의3 제1항 제2호 마목 단서에서 중과배제 주택에서 제외되어 원칙적으로 다주택중과[장기보유특별공제 미적용 및 일반세율에 20%(30%) 가산]가 적용된다. 다만, 이 경우 다주택중과 되더라도 ｢조세특례제한법｣ 제97의3의 요건을 충족했다면 “임대기간 중의 양도차익”에 대해서는 50%(70%)의 장기보유특별공제가 적용될 것으로 보이나 현재 유권해석은 없다.

 

⑨ 폐지유형인 아파트 임대(8년)로 의무임대기간 종료후 자동말소된 후에도 계속 임대하여 10년 이상 임대기간을 충족했더라도 장기보유특별공제율은 50%를 적용받으며, 70%(10년 이상)의 공제율을 적용 받을 수는 없다(서면법령해석재산 2020-3286, 2021.5.11.).

 

⑩ 피상속인의 임대기간 합산하여 임대기간을 계산한다.

 

⑪ 「조세특례제한법」 제97조의4 및 97조5와 중복적용을 배제한다.

특히 「조세특례제한법」 제97조의3은 공제율(50%, 70%)이 크긴 하지만 임대기간 중에 발생한 양도차익에 대해서 적용되는 반면, 「조세특례제한법」 제97조의4는 전체 보유기간에 대해 추가공제율을 적용하므로 어떤 특례를 적용할지 비교계산하여 선택해야 한다.

 

⑫ 「조세특례제한법」 제97조의3은 감면이 아니므로 농어촌특별세가 없다.

 

 

[프로필] 이재홍 세무사

•이재홍세무사사무소 대표
•한국세무사회 세무연수원 교수
•서울지방세무사회 연수교육위원
•서울지방세무사회 조세제도연구위원

•안수남외 2인 양도소득세(광교이택스) 저자

 

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