(조세금융신문=이재홍 세무사) 현 정부에서는 자동말소된 경우 기한 제한 없이 다주택 중과를 배제하는 것에 대하여 지속적으로 문제를 제기해 왔다.

 

2026. 8. 3. 발표한 세제개편안에 따르면 2026. 12. 31. 이전에 자동말소된 조정대상지역 매입임대 아파트는 ① 2027. 12. 31.까지 양도하는 경우만 중과 배제 및 「조세특례제한법」 제97조의3에 따른 장기보유특별공제 50%를 적용한다.

 

② 2028. 1. 1.~2028. 12. 31. 기간에 양도하는 경우에는 중과세율의 1/2(1세대 2주택 10%, 1세대 3주택 이상 15%)을 적용하고, 「조세특례제한법」 제97조의3에 따른 특례공제율을 30% 적용한다.

 

③ 2029. 1. 1. 이후 양도하는 경우에는 다주택 중과세율(1세대 2주택 20%, 1세대 3주택 이상 30%)이 그대로 적용되고, 특례공제율이 적용되지 않는다.

 

다주택 중과 배제 내용은 국회 입법 사항이 아니라서 국무회의를 거쳐 2026. 10. 1. 이후 양도분부터 적용될 예정이며, 말소된 주택에 대한 중과세율 완화 및 장기보유특별공제 우대(조특법 제97조의3)의 축소는 「조세특례제한법」 제97조의11을 신설하여 2028. 1. 1. 이후 양도분부터 적용할 예정이다.

 

1. 자동말소된 주택의 다주택중과 배제

 

(1) 현재 규정

폐지되는 임대주택(단기민간임대주택, 아파트로서 장기일반민간임대주택)이 2020. 8. 18. 이후 자동말소되는 경우 양도 시기 제한 없이 중과 배제된다.

 

(2) 2026. 8. 3.에 발표한 세제개편안

1) 조정대상지역 매입임대 아파트(4년 단기매입임대주택 중 아파트 및 8년 장기일반민간임대주택 중 아파트)의 경우

 

① 2026. 12. 31. 현재 말소된 경우

ⅰ) 2027. 12. 31.까지 양도 시: 중과 배제

ⅱ) 2028. 1. 1.~2028. 12. 31.까지 양도 시: 1/2 중과.

즉, 1세대 2주택은 10% 중과, 1세대 3주택은 15% 중과

ⅲ) 2029. 1. 1. 이후 양도 시: 1세대 2주택은 20% 중과, 1세대 3주택은 30% 중과

 

② ㉠ 2027. 1. 1. 기준 의무임대기간 진행 중이거나 ㉡ 신규 조정대상지역으로 지정된 경우 ㉢ 재건축·재개발 진행 중인 경우는 각각 ㉠ 의무임대기간 종료일, ㉡ 지정공고일, ㉢ 이전고시일 중 가장 늦은 날로부터 기산하여 아래 양도 기한에 따라 중과 배제를 판단한다.

ⅰ) 의무임대기간 종료일 등으로부터 1년 이내 양도 시: 중과 배제

ⅱ) 의무임대기간 종료일 등으로부터 1~2년 이내 양도 시: 양도 시 1/2 중과

즉, 1세대 2주택은 10% 중과, 1세대 3주택은 15% 중과

ⅲ) 의무임대기간 종료일 등으로부터 2년 경과 후 양도 시: 1세대 2주택은 20% 중과, 1세대 3주택은 30% 중과

 

※재개발·재건축의 경우란 「도정법」에 따른 재건축사업(「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 소규모재건축·소규모재개발사업을 포함)을 시행하기 위한 조합설립인가일, 동 법에 따른 재개발사업을 시행하는 경우에는 관리처분계획의 인가일이 기준일(2027.1.1.) 또는 ㉠ 및 ㉡에 따른 날부터 1년이 되는 날 이전인 주택을 말한다.

 

2) 조정대상지역 아파트 외의 주택

조정대상지역에 소재하는 다세대·연립주택 등 비아파트, 조정대상지역 외 소재 아파트를 포함한 주택, 건설임대주택 및 공공지원 임대주택은 현재 규정과 같이 기한 제한 없이 다주택 중과 배제된다.

 

2. 「조세특례제한법」 제97조의3에 따른 장기보유특별공제(50%)

 

(1) 현행 규정

(구) 「조세특례제한법 시행령」 제97조의3 제2항 제2호 및 유권해석(사전법규재산 2024-768, 2024. 12. 31.)에서는 장기일반민간임대주택(아파트)이 자동말소된 경우에는 8년의 임대 기간을 충족한 것으로 보아 “임대 기간 중 양도차익”에 대해 「조세특례제한법」 제97조의3에 따라 50% 장기보유특별공제율 적용한다.

 

(2) 2026. 8. 3. 발표한 세제개편안

1) 조정대상지역 매입임대 아파트(8년 장기일반민간임대주택 중 아파트)

 

① 2026. 12. 31. 현재 말소된 경우

ⅰ) 2027. 12. 31.까지 양도 시: 임대 기간 양도차익 × 50% 장기보유특별공제, 임대 기간 이외의 양도차익에 대해서는 보유 기간 × 연 2% 공제

ⅱ) 2028. 1. 1.~2028. 12. 31.까지 양도 시: 임대 기간 양도차익 × 30% 장기보유특별공제, 임대 기간 이외의 양도차익에 대해서는 임대 기간을 거주 기간으로 보아 임대 기간 × 연 2% 공제(세제개편안 문답자료 참조)

ⅲ) 2029. 1. 1. 이후 양도 시: 장기보유특별공제 없음

 

② ㉠ 2027. 1. 1. 기준 의무임대기간 진행 중이거나 ㉡ 신규 조정대상지역으로 지정된 경우 및 ㉢ 재건축·재개발 진행 중인 경우는 각각 ㉠ 의무임대기간 종료일, ㉡ 지정공고일, ㉢ 이전고시일 중 가장 늦은 날로부터 기산하여 아래 양도 기한에 따라 중과 배제 판단한다.

ⅰ) 의무임대기간 종료일 등으로부터 1년 이내 양도 시: 임대 기간 양도차익 × 50% 장기보유특별공제, 임대 기간 이외의 양도차익에 대해서는 보유 기간 × 연 2% 공제

ⅱ) 의무임대기간 종료일 등으로부터 1~2년 이내 양도 시: 임대 기간 양도차익 × 30% 장기보유특별공제, 임대 기간 이외의 양도차익에 대해서는 임대 기간을 거주 기간으로 보아 임대 기간 × 연 2% 공제(세제개편안 문답자료 참조)

ⅲ) 의무임대기간 종료일 등으로부터 2년 경과 후 양도 시: 장기보유특별공제 없음

 

2) 조정대상지역 매입임대 아파트 외의 주택

조정대상지역에 소재하는 다세대·연립주택 등 비아파트, 조정대상지역 외 소재 아파트 포함한 주택, 건설임대주택 및 공공지원 임대주택은 현재 규정과 동일하게 기한 제한 없이 「조세특례제한법」 제97조의3에 따른 50%의 장기보유특별공제를 적용한다.

 

3. 요약표

 

1) 2026.12.31. 현재 자동말소된 조정대상지역 매입임대 아파트

 

양도기간	다주택중과	조특법 97조3
2027.1.1.~2027.12.31.주1)	중과배제	50% 장기보유특별공제
2028.1.1.~2028.12.31.주2)	다주택 중과세율의 1/2 적용 (2주택:10%, 3주택 이상: 15%)	30% 장기보유특별공제
2029.1.1.이후.주3)	다주택중과세율 적용 (2주택:20%, 3주택 이상: 30%)	특례공제 없음

 

주1) ㉠ 2027. 1. 1. 기준 의무임대기간 진행 중이거나 ㉡ 신규 조정대상지역으로 지정된 경우 및 ㉢ 재건축·재개발 진행 중인 경우는 각각 ㉠ 의무임대기간 종료일, ㉡ 지정공고일, ㉢ 이전고시일 중 가장 늦은 날로부터 기산하여 1년 이내 양도

 

주2) ㉠ 2027. 1. 1. 기준 의무임대기간 진행 중이거나 ㉡ 신규 조정대상지역으로 지정된 경우 및 ㉢ 재건축·재개발 진행 중인 경우는 각각 ㉠ 의무임대기간 종료일, ㉡ 지정공고일, ㉢ 이전고시일 중 가장 늦은 날로부터 기산하여 2년 이내 양도

 

주3) ㉠ 2027. 1. 1. 기준 의무임대기간 진행 중이거나 ㉡ 신규 조정대상지역으로 지정된 경우 및 ㉢ 재건축·재개발 진행 중인 경우는 각각 ㉠ 의무임대기간 종료일, ㉡ 지정공고일, ㉢ 이전고시일 중 가장 늦은 날로부터 기산하여 2년 경과하여 양도

 

2) 자동말소된 조정대상지역 매입임대 아파트 외의 주택(조정대상지역에 소재하는 다세대·연립주택 등 비아파트, 조정대상지역 외 소재 아파트 포함한 주택, 건설임대주택 및 공공지원 임대주택)

 

양도기간	다주택중과	조특법 97조3
제한 없음	중과배제	50% 장기보유특별공제

 

 

 

[프로필] 이재홍 세무사

•이재홍세무사사무소 대표
•한국세무사회 세무연수원 교수
•서울지방세무사회 연수교육위원
•서울지방세무사회 조세제도연구위원

•안수남외 2인 양도소득세(광교이택스) 저자

 

 

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