
감면법인에 대한 관리는 다음의 어느 하나에 해당하는 법인에 대하여 실시한다. 다만, 국세청장이 사후관리의 실익을 감안하여 생략할 필요가 있다고 인정하는 감면을 적용받은 법인에 대해서는 관리대상에서 제외할 수 있다(법인사규103).
① 조세특례제한법에 따라 소득공제ㆍ세액공제ㆍ세액감면ㆍ이월과세ㆍ과세이연ㆍ손금산입 등과세특례를 적용받은 법인 ② 위 “①”에 열거하는 법률에 따른 감면을 직접 받지 않았으나 거래상대방의 조세특례와 관련하여 법령에 따른 의무를 이행하여야 하는 법인 |
2. 법인세 감면법인의 사후관리업무 관할관서
(1) 감면법인의 관리는 납세지 관할세무서장이 함
감면법인에 대한 관리업무는 납세지 관할 세무서 법인납세과장이 하는 것을 원칙으로 한다(법인사규106 ①).
(2) 지방국세청장이 사후관리업무를 할 수 있는 경우
국세청 법인납세과장이 감면법인의 규모, 감면유형의 중요도 등을 고려하여 선정한 감면법인은 지방국세청 성실납세지원국장이 사후관리업무를 실시할 수 있다(법인사규106 ②).
(3) 감면사후관리 진행 중 세무조사통지를 받은 경우
감면사후관리에 착수하여 사후관리에 의해 정확한 공제·감면세액이 사실상 확정되지 아니한 법인으로서 세무조사통지를 받은 법인에 대하여는 사후관리 진행내용을 지방국세청 조사국장 또는 세무서 조사과장에 통보하여 세무조사에 활용하도록 하여야 한다(법인사규106 ③).
3. 법인세 조사를 받는 경우의 감면법인 관리
(1) 조사대상 사업연도의 감면요건 검토
법인세 조사 시(부분조사를 포함한다)에는 그 조사대상 사업연도의 감면요건 검토 및 사후관리 할 사항에 대하여 조사담당기관(세무서 조사과장, 지방청 조사국장)이 실시한다(법인사규106 ④).
(2) 조사국장은 납세지 관할세무서장에게 감면사후관리 관련 서류제출 요구
지방국세청의 조사담당기관의 장은 조사대상법인의 납세지 관할세무서장에게 감면사후관리 등에 필요한 서류의 제출을 요구할 수 있다(법인사규106 ⑤).
4. 법인납세과의 법인세 감면법인의 사후관리 시기
(1) 감면법인의 사후관리 시기
법인세의 감면법인에 대한 관리는 법인세 신고기한으로부터 1년 이내에 실시함을 원칙으로 하되, 별도로 정한 경우에는 그에 따른다(법인사규107 ①).
(2) 감면법인의 사후관리 시기
세무서장은 감면법인에 대한 수시감면요건 검토 및 사후관리를 다음과 같이 실시한다(법인사규107 ②).
① 휴ㆍ폐업 등의 사유발생으로 수시 관리할 필요가 있을 때 ② 조세채권확보를 위하여 필요할 때 ③ 기타 특정감면유형에 대한 일괄관리 등이 필요할 때 |
5. 법인납세과의 감면법인의 사후관리 방법
(1) 감면법인의 사후관리는 서면검토가 원칙임
감면법인에 대한 요건검토 및 사후관리는 전산으로 통보받은 내용과 법인세 과세표준 및 세액신고서 등에 의하여 서면으로 검토함을 원칙으로 한다(법인사규109 ①).
(2) 감면법인의 사후관리는 별도 계획(예: 현장확인 등)에 의할 수 있음
국세청장이 별도의 사후관리계획을 수립하여 시행하는 경우에는 해당 계획 등에서 정하는 바에 따른다(법인사규109 ②).
(3) 조사대상자 선정 등에 활용
사후관리담당자는 현장확인 결과 실지조사에 갈음하는 광범위한 확인이 필요한 경우에는 성실납세지원국장(또는 세무서장)의 결재를 득한 후 관련내용을 조사국(또는 조사과)에 통보하여 조사대상 선정 등에 활용하도록 한다(법인사규109 ③).
6. 법인납세과의 부당감면 혐의법인에 대한 해명요구
(1) 의의
지방국세청 성실납세지원국장 또는 세무서 법인납세과장은 법인세 과세표준신고서 및 첨부서류 등에 의하여 서면 검토한 결과 감면요건 적합여부 등을 정확하게 판단할 수 없는 경우 또는 부당감면혐의 등 문제점에 대하여 별도의 해명자료를 받고자 할 때에는「해명할 사항 제출안내」로 15일 이내의 기간을 정하여 서면으로 요구할 수 있다(법인사규110 ①).
(2) 부실 해명법인에 현장확인 실시 가능
해명자료를 제출하지 않거나 제출한 해명자료로 사후관리를 종결할 수 없는 때에는 최소한의 범위에서 현장확인을 실시할 수 있다(법인사규110 ②).
(3) 담당조사관은 막연하거나 포괄적인 자료제출 요구금지
해명요구는 구체적인 사항에 대하여 요구하여야 하며, 막연하거나 포괄적인 자료제출을 요구하지 않도록 유의하여야 한다(법인사규110 ③).
7. 법인납세과의 감면법인 사후관리요령
감면법인에 대한 사후관리는 국세청 법인납세과장이 사후관리대상을 전산 출력하여 세무서장에게 통보한 관리대상자를 감면의 성격에 따라 아래의 감면유형으로 구분하여 검토한다(법인사규111 ①).
① 감면요건의 검토만으로 관리가 종결되는 감면 ② 감면요건의 검토와 사후관리가 필요한 감면 ③ 사후관리만 실시하여야 할 감면 |
(1) 감면요건의 검토만으로 관리가 종결되는 감면
감면요건의 검토만으로 관리가 종결되는 감면에 대해서는 조세특례제한법의 해당규정에서 정한 감면요건의 일치 여부만 검토하고 관리를 종결한다. 이 경우 다음의 사항을 정밀하게 검토하여야 한다(법인사규111 ②).
① 부당감면 혐의에 대한 전산검색사항 ② 최저한세 및 농특세 계산의 적정 여부 ③ 추계결정시 감면배제대상 여부 ④ 기타 법정감면요건의 일치 여부 |
(2) 감면요건의 검토와 사후관리가 필요한 감면
감면요건의 검토와 사후관리가 필요한 감면에 대해서는 감면요건의 일치여부와 사후 법적의무이행 여부를 함께 검토한 후 관리종결 또는 계속사후관리 대상여부를 확정한다(법인사규111 ③).
(3) 사후관리만 실시하여야 할 감면
사후관리만 실시하여야 할 감면에 대해서는 사후 법적의무이행 여부만을 검토한 후 관리종결 또는 계속사후관리 대상여부를 확정한다(법인사규111 ④).
8. 법인납세과의 사후관리 결과의 처리
(1) 사후관리 결과를 전산에 입력
감면사후관리 담당자는 사후관리 실시결과를 전산에 입력하여야 하며(법인사규112 ①), 법인납세과장은 사후관리대상법인에 대하여 사후관리가 누락되지 않도록 관리하여야 한다(법인사규112 ②).
(2) 수정신고 하지 않은 법인은 결정 결정하여 과세예고통지 함
사후관리 실시결과 감면요건 미비 등으로 부당 감면받은 법인은 「법인세 서면분석·공제감면 사후관리 검토결과 안내」로 수정신고 안내하고 기한까지 수정신고하지 않은 법인은 경정결정한다(법인사규112 ③).
(3) 해명자료 자료 검토결과 통지
감면법인이 제출한 해명자료 검토결과 추징사유가 발생하지 않은 경우에도 「해명자료 검토결과 통지서」로 그 결과를 통지한다(법인사규112 ④).
9. 법인납세과의 감면법인 기타 관리사항
(1) 해명요구 처리진행상황 및 문제점 등의 관리
부당감면혐의 등 문제점에 대하여 별도의 해명요구를 한 경우 해명요구 처리진행상황 및 문제점 등을 관리하여야 한다(법인사규114 ①).
(2) 사후관리 사항 및 타서 수보자료는 계속 관리
감면요건 검토를 종결하고 사후 관리할 사항이 있는 경우와 타서 관할 세무서장으로부터 감면사실을 전산 또는 수동으로 통보받은 감면자료는 계속 관리하여야 한다(법인사규114 ②).
(3) 사후관리 법인의 경우 정기 세무조사 또는 수시 세무조사 시 활용자료로 사용
사후관리가 종결되지 아니한 법인과 사후관리결과 계속관리대상으로 분류한 법인은 법인별로 관리하여 법인세조사 및 다음의 정기 또는 수시 사후관리 시 활용할 수 있도록 하여야 한다(법인사규114 ③).
• 현) 회계법인 창해 회계사
• 현) 국세청 국세공무원교육원 외부교수
• 전) 우정세무회계 대표 공인회계사
• 전) 국세청 역외탈세 추적전담센터 TF, 서울청4국 외 근무 • 전) 안진회계법인 세무자문본부 TC팀
• 저) 국세청 사후검증과 세목별 세무실무(P1461)
• 세무조사실무와 업종별 조사사례(P1470)
- 대한변호사회 세무조사 강의
- 한국공인회계사회 세무조사 강의
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