(조세금융신문=김필주 기자) 

【쟁점사항】
① 세무조사 후 동일한 사항에 대한 재조사가 중복조사금지원칙을 위반한 것인지 여부
② 청구법인이 쟁점주식을 특수관계자에게 저가 양도한 것이 부당행위계산부인 적용 대상인지 여부

【당사자 주장】
▪ 청구인의 주장
청구법인은 이미 D지방국세청장으로부터 2018년부터 2020년까지의 사업연도에 대한 세무조사를 받아 쟁점주식 거래가 정당한 거래로 확인되었음에도, E지방국세청장이 A법인에 대한 별도 조사 과정에서 과세자료를 통보해 중복조사를 한 것으로 위법하다고 주장한다. 또한, 쟁점주식 거래는 최초 거래 시 비특수관계인 간에 금전소비대차에 따른 주식 양도담보 거래이며, 미리 정해진 가격으로 거래된 것이므로 특수관계자 간 부당한 저가양도에 따른 부당행위계산부인 적용 대상이 아니라는 입장이다.

▪ 처분청의 주장
처분청은 청구법인의 쟁점주식 거래가 최초 조사에서 명시적으로 조사된 사실이 없고, A법인의 대표자가 쟁점주식 양도소득세를 기한 후 신고한 점 등 명백한 조세탈루 혐의가 있어 중복조사금지원칙 위반이 아니라는 입장이다. 또한, 청구법인이 특수관계자인 A법인에게 쟁점주식을 시가보다 낮은 가격으로 양도하여 조세의 부담을 부당히 감소시켰으므로, 부당행위계산부인 규정 적용이 타당하다고 주장한다.

【결론 및 근거】
▪ 중복조사금지원칙 위반 여부
국세기본법상 중복조사금지원칙은 동일한 세목 및 과세기간에 대하여 재조사를 금지하고 있으나, 명백한 조세탈루 혐의가 있는 경우에는 예외를 인정하고 있다. 본 사안의 경우 D지방국세청장이 청구법인에 대해 실시한 조사 당시 쟁점주식 거래와 관련하여 소명요구나 질문조사가 없었고, 이에 대한 조사 결과가 명시적으로 포함되지 않았다. 이후 E지방국세청장이 별도 조사 과정에서 조세탈루 혐의를 발견하여 이를 과세자료로 통보한 것으로, 이는 국세기본법상 허용된 '조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료'에 의한 조사로 중복조사금지원칙 위반에 해당하지 않는다.

▪ 부당행위계산부인 적용 여부
부당행위계산부인은 특수관계인 간 거래에서 시가보다 낮은 가격으로 양도하여 조세 부담을 부당히 감소시킨 경우 적용된다. 그러나 이 사건은 최초 주식매매계약 당시 당사자들이 특수관계에 있지 않았으며, 당초 금전대여와 주식 양도담보 거래가 연결된 일련의 계약 구조를 형성하고 있었다. 또한, 주식 양도 시점에서 이미 정해진 풋옵션 행사 조건에 따른 것으로서, 이는 당초 계약에서 확정된 가격과 조건에 의한 것으로 볼 수 있다. 따라서 거래 당시 경제적 합리성이 결여된 것으로 판단하기 어렵고, 부당행위계산부인 적용 대상이 아니라고 판단된다.

【최종 결론】
이 사건에서 청구법인의 쟁점주식 거래는 중복조사금지원칙에 위반되지는 않았으나, 부당행위계산부인의 적용 대상이 아니므로 처분청의 과세 처분은 부당하다. 따라서 청구인의 주장이 이유 있다고 인정되어 국세기본법 제81조의15에 따라 주문과 같이 결정한다.

<참고> 국세청 과세전적부심사청구 심사 파일 첨부

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