[예규‧판례] 국세청, 적부심사 미실시 또 졌다…심판원 “제척기간 부족해도 권익침해 불가”

2026.03.16 08:01:08

 

(조세금융신문=고승주 기자) 부과기간 3개월 미만이면 과세 전 적부심사 청구를 거치지 않고, 예고통지 없이 바로 과세할 수 있다는 법 적용이 점점 엄격해지고 있다(국세기본법 제85조의15 제3항 제3호).

 

조세심판원은 부과제척기간 3개월 미만으로 남기고 조사결과를 통보(과세결정), 납세자의 적부심사를 거절한 사건에 대해 국세청 잘못이라고 결정했다(조심 2025부3436, 26. 02. 12.).

 

심판원은 국세기본법 제85조의15 제3항 제3호로 과세관청의 늑장 과세로 인한 과세 전 적부심사 패싱에 대해 자주 과세취소를 내리고 있는데, 앞선 대법원 2023두41659 판례(선고 2025. 2. 13.)의 판단을 유지한 것으로 보인다.

 

대법은 부과제척기간 3개월 미만이어도 납세자가 과세예고통지를 받고 과세 전 적부심사를 청구할 권한이 사라지는 것은 아니라고 보았으며, 부과제척기간 3개월 미만일 때 예고통지 없이 과세할 수 있는 경우는 늦은 과세가 불가피했다는 증명 책임을 국세청에 부여했다.

 

이어진 대법 2025두31960 사건(선고 25. 6. 12.) 역시 같은 이유로 처분청의 상고를 기각했다.

 

본안 자체는 국세청이 해볼 만한 사안이었다.

 

중소기업에서 다른 독립적 중소기업으로 사업을 넘기면(사업승계), 넘어가는 사업자산에 대한 양도소득에 대해선 나눠 낼 수 있는 ‘중소기업 통합에 대한 양도소득세 이월과세’가 있다.

 

중소기업에는 현금이 많지 않고, 실질상으로는 중소기업 사업이 다른 중소기업에 넘어갔기에 나름 혜택을 준 것이다.

 

청구인 A의 경우 자기 소유 기업 갑(주된 사업은 부동산 임대업)의 토지 중 일부가 도시개발사업으로 수용대상이 되자, A는 갑이 보유한 땅 중 수용예정토지 및 갑의 사업과 무관한 토지만 통합법인 을에게 넘기고 갑을 폐업했다.

 

국세청 입장에서는 ‘중소기업 통합 양도소득세 이월과세’를 줄 때는 갑의 사업이 을로 완전히 넘어가서 기존 사업이 그대로 유지되는 경우 혜택을 주는 건데 지난 3년간 부동산 임대로만 돈을 번 기업 갑이, 주요 임대토지는 빼고 나머지 땅을 신설 법인 을에게 주고 ‘중소기업 통합 양도소득세 이월과세’는 그대로 받겠다는 게 말이 안 된다며 과세결정을 내렸다.

 

안 준 땅도 사업 관련 주요자산이니까 정히 이월과세를 받고 싶으면, 그 땅도 을에게 넘겨야 하는데 A는 그러지 않았다는 것이 과세명분이었다.

 

그런데 국세청 과세는 본안은 따져보지도 못하고 절차 정당성에서 깨졌다.

 

부과제척기간 임박해서 늑장 조사해 예정통지도 보내지 않았고, 과세 전 적부심사 청구도 거부했기 때문이다.

 

갑에서 을로 현물출자한 시점이 2019년 3월 12일이고, 이월과세 신청한 시점이 2019년 5월 31일인데, 국세청은 부과제척기간이 임박한 2025년 3월 10일, A에 대한 양도세 세무조사를 시작해 2025년 4월 7일에 조사결과통지를 보냈디.

 

부과제척기간까지 3달도 안 남은 시점이었기에 국세청은 국기법 85조의15 3항 3호를 써서 부과기간 3개월 남기고 예정통지 없이, 과세 전 적부심사 없이 과세할 수 있다고 판단했다.

 

그런데 앞서 대법 판결에서 그랬듯이 본 사안은 서류만 잘 찾으면 과세가 충분히 가능하고, 국세청이 증거수집에 어려움이 있어 불가피하게 과세를 늦게 할 수 있다는 사유가 없었다.

 

심판원은 과세 전 적부심사 청구를 멋대로 거부해 납세가 권리를 침해한 부당과세라는 청구인 A의 논리를 거부할 수 없었고, 결국 국패 판정이 나왔다.

 

심판원은 비슷한 시기, 유사 사건인 조심 2025서2609, 26. 02. 10.)도 국가 잘못으로 판정했다.

 

 

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고승주 기자 ksj@tfnews.co.kr



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