"수입세금계산서 발급 불확실성 끝낸다”...관세청, 새 지침 내달 시행

2025.12.24 18:17:37

부산·서울 순회 설명회 개최...수정수입세금계산서 발급 기준 정립
업계 “기준 명확화 환영하나 규제 경직성은 경계해야” 목소리
12월 26일까지 누리집 의견 수렴 거쳐 내년 1월 1일 최종 확정

 

(조세금융신문=안종명 기자) 관세청이 수입 기업들의 경영 불확실성 요인으로 꼽혔던 ‘수정수입세금계산서 발급’과 관련해 명확한 가이드라인을 수립하고 내년 초부터 본격 시행에 나선다. 그간 발급 요건을 둘러싼 세관과 납세자 간 해석 차이로 행정 소모가 컸던 만큼, 이번 지침이 법적 안정성을 확보하는 전환점이 될지 주목된다.

 

24일 관세청에 따르면, 관세청은 최근 ‘수정수입세금계산서 발급 운영 지침’ 제정을 앞두고 지난 18일과 19일 각각 부산과 서울에서 전국 순회 설명회를 개최했다. 이번 설명회에는 관세사 및 수입기업 관계자 100여 명이 참석해 뜨거운 관심을 보였다.

 

수정수입세금계산서는 수입 물품의 세액이 변경될 때 관세청이 발행하는 서류로, 수입업자가 부가가치세를 매입세액으로 공제받기 위한 필수 요건이다. 현행 부가가치세법은 납세자의 착오나 경미한 과실이 있는 경우에만 발급을 허용하고 있어, ‘고의성’ 여부를 두고 세관과 기업 간 법적 분쟁이 끊이지 않았다.

 

관세청 관계자는 “이번 지침은 미발급 대상에 대한 세부 기준을 명확히 정립해 납세자의 예측 가능성을 높이고, 불필요한 행정 쟁송을 줄이는 데 목적이 있다”고 설명했다.

 


설명회에 참석한 업계 실무자들은 기준 정립 취지에는 공감하면서도, 자칫 새로운 지침이 ‘또 다른 규제’가 될 가능성을 경계했다.

 

한 물류기업 관계자는 “기준이 명확해지는 것은 반갑지만, 현장의 다양한 사례를 고려하지 않고 기계적으로 적용할 경우 법적 해석이 경직될 우려가 있다”며 “납세자의 상황에 따른 유연한 운영이 뒷받침되어야 한다”고 강조했다.

 

특히 일선 세관과 기업 간 견해 차이가 발생했을 때 이를 객관적으로 조정할 수 있는 ‘중재 절차’나 실질적인 권리보호 방안을 지침에 포함해야 한다는 구체적인 제언도 나왔다.

 

관세청은 현재 지침 완성도를 높이기 위한 막바지 여론 수렴에 집중하고 있다. 오는 12월 26일까지 관세청 누리집을 통해 국민과 업계의 의견을 폭넓게 청취할 계획이다.

 

이명구 관세청장은 “이번 지침은 성실한 납세자가 예상치 못한 불이익을 받지 않도록 돕는 ‘가이드’가 되는 것이 핵심”이라며, “현장의 목소리를 충분히 담아 납세자의 권리를 실질적으로 보호할 수 있는 완성도 높은 지침을 확정하겠다”고 밝혔다.

 

관세청은 설명회에서 제기된 건의 사항과 온라인 접수 의견을 종합적으로 검토해 지침을 보완한 뒤, 내년 1월 1일부터 전격 시행한다는 방침이다.
 

 

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안종명 기자 cma0211@tfnews.co.kr



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