기부금은 그 유형별로 적용되는 순서가 다르고, 한해 다 적용하지 못한 기부금은 다음해로 이월되니, 기부내역이 많은 사람은 하나하나 꼼꼼히 짚어 볼 필요가 있다.

우선 기부금은 정치자금기부금 → 법정기부금 → 우리사주조합기부금 → 종교단체 외 지정기부금 → 종교단체 지정기부금의 순서로 소득공제 및 세액공제가 적용된다. 

같은 유형의 기부금 중 이월된 분과 당해연도 분이 동시에 있는 경우엔 해당연도 기부금을 우선공제하고, 이월분 중에선 기부연도가 빠른 기부금부터 공제한다. 여기에도 예외사항이 있는데, 2013년 이전 기부금액 중 이월된 기부금은 해당연도 기부금보다 먼저 적용한다.

2014년도 이후 이월된 법정기부금이나 이월기부금이 있는 경우 해당연도 지출 법정기부금 → 2014년 이월 법정기부금 → 2015년 이월 법정기부금 → 2016년 이월 법정기부금 → 해당연도 지출 종교단체 외 지정기부금 → 2014년 이월된 종교단체 외 기부금 → 2015년 이월된 종교단체 외 지정기부금 → 2016년 이월된 종교단체 외 기부금 → 해당연도 지출 종교단체 지정기부금 → 2014년 이월된 종교단체 지정기부금 → 2015년 이월된 종교단체 지정기부금 → 2016년 이월된 종교단체 지정기부금 순이다. 

자녀세액공제, 연금계좌세액공제, 보험료·의료비·교육비 세액공제액과 기부금 세액공제액의 합계액이 그 거주자의 해당 과세기간의 종합소득산출세액을 초과하는 금액은 공제받을 수 없다.

다만, 그 초과하는 금액에 기부금 세액공제액이 포함되어 있는 경우 해당 기부금과 기부금 공제한도액을 초과하여 공제받지 못한 지정기부금은 해당 과세기간의 다음해부터 기부금별 기간 내에 끝나는 각 과세기간에 이월해 넘긴 기부금세액공제액을 종합소득산출세액에서 공제한다. 기부금별 기한은 법정기부금과 지정기부금 모두 동일하게 5년이다.

자칫 기부금으로 혼동하기 쉬운 내용도 확인할 필요가 있다.

공무원이 근무시간 중 특별재난지역에서 자원봉사한 경우 해당 복구활동은 법정기부금이 아니다. 

개인이 사회복지시설에 무상제공한 자문용역 등 재능기부는 기부금공제 대상이 아니다.

비영리법인으로 설립허가를 받고, 세무서장으로부터 고유번호를 받았어도 무조건 기부금공제 대상단체가 되는 것은 아니다. 단, 활동 중인 비영리법인에 소속된 단체의 경우 고유번호를 부여받지 않아도 지정 기부금단체에 해당된다.

개인사찰이 종단 사찰등록 및 고유법인 발급을 받고, 법인으로 보는 단체로 승인됐어도, 임의로 탈종했다면, 지정기부금 단체에서 제외된다.

노사협의회에 근로자가 납부하는 회비는 소득세법상 지정기부금이 아니다.

기부금 공제대상인 노동조합비는 조합원이 노동조합 규약에 따라 납부한 조합비를 말한다. 노조 규약 외 지급한 돈은 지정지부금이 아니다.

일본적십자사에 지급한 지진피해 이재민 구호금품은 법정기부금이다.

교회가 지방자치단체장의 허가 받기 이전, 설립 중에 지급한 지정기부금은 허가를 받은 연도에 영수증을 발급받아 기부금 공제를 받을 수 있다.