청구종중은 심000의 큰 아들인 이조참판(휘/허)과 그의 아들인 세탁(이조정랑)과 세조(경상감사)의 후손으로 구성된 종중으로, 선조의 묘위 수호, 종중재산의 관리, 선조의 문헌수집 및 홍보, 후손의 육영사업을 목적으로 설립되었다.

청구종중은 2014.7.14. 000세무서장으로부터 국세기본법 제13조에 따른 법인으로 보는 단체로 지정을 받아 고유번호증을 부여받았고, 대표자 심000을 국세에 관한 의무이행자로 지정하였다.

청구종중은 비영리내국법인으로서 쟁점토지는 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 자산에 해당되므로 해당 양도소득은 각 사업연도 소득금액에서 제외하여야 하고, 청구종중이 신고하여야 할 법인세를 대표자 개인이 양도소득세로 잘못 신고하였다고 하녀 “청구종중 및 대표자 심000의 명의와 심000 개인의 도장을 날인”하여 2016.10.7. 000세무서장에게 쟁점세액의 환급을 구하는 내용의 경정청구 서를 제출하였다.

처분청은 쟁점경정청구일부터 2개월이 경과할 때까지 청구종중에게 경정청구 처리결과를 회신하지 아니하였는데, 청구종중은 이에 불복하여 2017.2.28. 심판청구를 제기했다.

청구종중에 따르면 000세무서장은 청구종중의 경정청구서를 처분청에게 이송했는데, 처분청은 이제 와서 신고가 존재하지 않으며, 관련세액의 수납사실도 없으므로 환급과 관련된 처분을 하기 어렵다고 안내하여 심판청구에 이르게 되었다. 청구종중이 대표자의 주소지로 신고한 것에 대하여 000세무서장과 처분청은 신고자체에 대한 효력응 인정하면서 서로 환급에 대한 경정은 하지 않으려고 하는 것은 위법하다는 것이다.

청구종중은 또 위 쟁점토지는 약 500년 전부터 처분일 현재까지 문중의 토지로 사용되어온 청구종중의 고유목적사업에 직접 사용하던 고정자산이므로 법인세법 제3조 제3항 제5호 및 같은 법 시행령 제2조 제2항에서 규정한 비수익용 자산으로 보아야 한다고 주장했다.

처분청은 000세무서장이 심000이 납부한 양도소득세를 청구종중의 법인세로 과목경정하고, 쟁점경정청구서를 청구종중 관할인 처분청에게 이송한 것은 정당하다는 것이다.

또 처분청은 법인세법 시행령 제2조에서 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산을 비수익자산으로규정하고 있는데, 청구종중은 2014.7.14. 비영리법인으로 등록하고 2014.9.11. 쟁점토지를 처분하였으므로 3년 이상 사용한 것으로 볼 수 없어 청구주장을 받아들이기 어렵다는 의견을 냈다.

조세심판원에 따르면, 쟁점①에 대하여 살펴본다. 000세무서장이 쟁점경정청구서를 청구종중에게 아무런 통지를 하지 아니하다가 쟁점경정청구를 거부한다는 내용의 답볍서를 조세심판원에 제출한 점, 처분청은 경정청구 처리기한까지 청구종중에게 아무런 통지를 하지 아니하다가 쟁점경정청구를 거부한다는 내용의 답변서를 조세심판원에 제출한 점 등에 비추어 청구종중의 법인세 신고 및 경정청구, 처분청의 거부처분이 각각 존재한다고 보이므로 이 건 심판청구는 적법하여 본안 심리대상에 해당한다고 판단된다는 것이다.

또 쟁점②에 대하여 살펴본다. 법인으로 보는 단체로 승인 받은 종중이 그 전에 취득하여 처분일 현재 3년 이상 계속하여 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용하던 토지를 양도하는 경우 해당 차익은 수익사업에서 생기는 소득에서 제외하는 점(법규법인 2013-172, 2013.5.274. 참조) 등에 비추어 처분청이 쟁점토지를 청구종중의 고유목적사업에 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판시, 취소결정(조심2017서1226, 2017.7.3.)을 내렸다.

다음은 청구종중 및 처분청이 제시한 심리자료이다.

①청구종중의 고유번호증 및 법인으로 보는 단체의 승인여부통지서를 보면, 처분청이 국세기본법 제13조 제2항 및 같은 법 시행령 제8조 제2항에 따라 2014.7.29. 청구종중(대표자 심000)을 법인으로 보는 단체로 승니(결성연월일: 2014.6.28.)하고, 고유번호증을 부여한 것으로 나타난다.

②법인으로 보는 단체의 국세에 관한 의무이행자 지정통지서를 보면, 처분청이 2014.7.29. 청구종중의 국세에 관한 의무이행자를 심000으로 지정(지정연월일: 2014.7.14.)한 것으로 나타난다.

③쟁점토지의 등기부등본을 보면, 쟁점토지는 청구종중의 종중원들 명의로 소유권등기되어 있다가 2014.5.29. 청구종중 명의로 등기이전(등기원인은 2013.11.7. 명의신탁해지)되었고, 2014.8.26. 국가에 소유권이전(2014.8.26. 공공용지의 협의 취득)된 것으로 나타난다.

④청구종중은 쟁점토지 위에 청구종중 선조들의 분묘 25기가 있었다고 주장하며, 분묘명세서, 분묘 현황 사진(소재지 및 연고자 등 기재되어 있음), 개장 전 후 사진 등을 다수 제시하였다.

⓹000에 의뢰하여 작성된 ‘제2외국순환(인천-김포) 고속도로 민간투자사업(000)의 토지 및 지장물 보상 관련 감정평가서(2014.2.5.)에 의하면, 쟁점토지 위에 수십 기의 청구종중 분묘, 그 외 다수의 비석, 나무 등이 잇는 것으로 나타난다.

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