(조세금융신문=박청하 기자) 조세심판원은 청구법인이 세무조정에 기초한 법인세 신고를 하고도 부과제척기간이 한참 경과한 뒤에야 처분청의 세무조정에 오류가 있다는 사실을 알고 경정청구를 구했지만 처분청이 이를 거부한 청구법인의 특정 사업연도 합병 관련 법인세 신고를 명백한 하자로 당연한 무효라고 보기는 어렵다는 심판결정례를 내렸다.

조세심판원의 처분개요를 살펴보면, 조사청은 청구법인 대표이사 등이 제기한 상속세등부과처분취소 사건 소송 진행 중, 청구법인이 2011.2.7. AAA을 합병하는 과정에서 발생한 세무조정 오류로 인하여 2011사업연도에 소득금액을 과다하게 계상한 사실을 확인함에 따라, 처분청은 청구법인의 2011사업연도 소득금액을 조정하고, 청구법인 1주당 가액을 감액하여, 직권으로 관련 상속세 등을 환급하였다.

청구법인은 조사청의 조사결과에 따라 쟁점세무조정 오류로 인하여 청구법인이 2011∼2016사업연도 법인세를 과다하게 신고·납부하게 된 사실을 확인하고, 2021.3.31. 2011∼2016사업연도 법인세 합계액의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2021.5.27. 부과제척기간이 도과하였다는 이유로 이를 거부하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2021.8.17. 심판청구를 제기하였다.

청구법인은 AAA을 합병하는 과정에서 발생한 하자 있는 세무조정을 기초로 2011∼2016사업연도 법인세 신고를 하였는바, 합병 관련 법인세 신고 부분은 중대·명백한 하자 있는 세무조정에 기초한 당연무효인 신고에 해당하므로, 2011∼ 2016사업연도 법인세 모두 환급되어야 한다고 주장했다.(주위적 청구)

또 청구법인의 경정청구에 5년의 경정청구 기간이 적용된다고 하더라도, 2015∼2016사업연도 법인세 경정청구는 경정청구 기간 내에 청구한 것이므로 이 부분은 받아들여져야 한다고 덧붙였다. (예비적 청구)

반면, 처분청은 (주위적 청구) 청구법인 주장과 같이 청구법인의 합병 관련 부분 법인세 신고가 당연무효에 해당한다면 적법한 법인세 신고가 없으므로 경정청구 대상에 해당한다고 볼 수 없고, 청구법인의 법인세 신고가 당연무효가 아니라면 경정청구 기간 5년을 도과하여 경정청구를 한 것이므로 어느모로 보나 각하되어야 한다는 의견이다.

또 (예비적 청구) 청구법인은 2015∼2016사업연도 법인세 경정청구는 경정청구 기간 5년 내에 경정청구가 이루어졌다고 주장하나, 청구법인이 법인세를 과다하게 신고·납부하게 된 원인은 2011사업연도 AAA 합병과정에서 세무조정을 잘못한 결과이고, 2011사업연도는 경정청구 기간을 이미 도과하였으므로, 이 부분 청구 역시 경정청구 기간이 도과하여 각하대상에 해당한다고 봄이 타당하다는 견해다.

조세심판원은 사실관계 및 관련 법령 등을 종합한 결과, 청구법인은 2011년 당시 세무조정에 기초한 법인세 신고를 하고도 부과제척기간이 한참 경과한 2021년에야 세무조정에 오류가 있다는 사실을 알게 된 점, 처분청 또한 청구법인의 세무조정에 오류는 관련 사실관계 등을 정확히 조사해야 확인할 수 있었던 점 등에 비추어 청구법인의 2011∼2016사업연도 합병 관련 법인세 신고를 외관상 명백한 하자가 있는 당연 무효인 신고에 해당한다고 보기는 어렵다고 보았다.

따라서 청구법인이 한 경정청구에도 국세기본법상 5년의 경정청구 기간이 적용된다 할 것인데, 청구법인의 2011∼2014사업연도 법인세 경정청구는 경정청구일인 2021.3.31. 당시 이미 경정청구 기간 5년을 도과한 부적법한 경정청구에 해당하므로, 이에 대한 심판청구는 부적법한 것으로 판단해 각하했다.

한편, 청구법인은 2011사업연도 합병 관련 세무조정을 잘못한 결과 2011∼2016사업연도 소득금액을 과다하게 계상하였고, 이에 따라 관련 법인세 또한 과다하게 신고·납부하였다는 이유로 경정청구를 제기한 것은, 청구법인이 부과제척기간 만료로 확정된 2011∼2014사업연도 법인세를 다툴 수 없지만 별개인 부과제척기간 만료 전인 2015∼2016사업연도 법인세가 잘못되었다고 다툴시 2011사업연도 쟁점세무조정 오류로 인하여 과세표준 결정이 잘못되었다는 주장을 다시 할 수 있으므로, 청구법인의 2015∼2016사업연도 법인세 경정청구는 적법한 경정청구에 해당한다고 봤다.

또한, 처분청도 부과제척기간이 만료되지 않았다는 전제 하에 청구법인이 경정청구를 통하여 환급을 구하는 법인세액 자체는 정당한 것으로 인정하고 있으므로, 처분청이 청구법인에게 한 2015∼2016사업연도 법인세 경정청구 거부처분은 잘못이 있다고 판단해 이를 취소(조심 2021부5194, 2022.02.03)한다는 결정을 내렸다.

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