도쿄 등의 대도시에 사는 주민에게는, 많은 시정촌 (시군구) 에서 국민 건강 보험에 드는 비용이 「보험료」 가 아닌, 「보험세」 로 부과되고 있다는 사실이 많이 알려져 있지 않다. 제도 본래의 취지는 「요금」 이지만, 징수 및 체납처분의 실효성을 높이기 위해, 전국 시정촌 (시군구) 의 약 86%가 「세금」 으로 과세 · 징수하고 있는 것이 현실이다. 시정촌 (시군구) 의 소득 · 자산 · 피보험자균등 · 세대별평등 비율로 계산한 기초과세금액을 조합해서 과세하고 있다.
이러한 부과 방식은 전국 일률이 아니고, 주로 4가지 (소득 · 자산 · 피보험자균등 · 세대별평등) , 3가지 (소득 · 피보험자균등 · 세대별평등) , 2가지 (소득 · 피보험자 균등)의 방식이 있다. 게다가 국민보험세금인 경우, 납세 의무자는 개인 단위가 아닌 세대주 과세로 되어있다. 따라서, 남편이 세대주이고 회사의 피고용자보험가입자, 아내가 자영업으로 국민건강보험에 가입한 부부인 경우는, 시정촌 (시군구) 에서 남편에게 납세 통지서가 오도록 되어있다.
가입자 중, 40세에서 64세는 개호보험의 제2호 피보험자가 되므로, 별도 개호 분이 가산된다. 또한, 징수 방법은 시정촌에 따라 다르지만, 계좌 이체 등으로 납부하는 방법이 일반적이다. 공적연금수급자에 대해서는, 2008년부터 시작된 후기고령자의료제도 창설에 따라, 특별 징수로 인한 공적연금에서 제하게 된다. (신청을 통해 계좌 이체로 변경 가능)
또한, 2015년도 세제개정에서는 저소득자의 국민건강보험세금의 경감조치 대상을 확대하기 위해, 국민보험세금의 5할경감 및 2할경감 대상이 되는 세대의 경감판정소득액의 인상 등도 이루어지고 있다. 구체적으로, 5할경감 해당자는 「기초 공제 (33만엔) + 26만엔 (개정 전 24.5만엔) × (피보험자 수 + 특정동일세대소속자 수)」 , 2할경감 해당자는 「기초 공제 (33만엔) + 47만엔 (동 45만엔) × (피보험자 수 + 특정동일세대소속자 수)」 로 판정한다.
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※ 다음은 일본어 원문이다.
2015年度改正で国民健康保険税の課税限度額を引上げ
＜地方税＞
2015年度の税制改正に伴い、国民健康保険の課税の見直しが行われている。自営業者や会社員ＯＢなどが加入する国民健康保険税の基礎課税額にかかる課税限度額が、今回の税制改正でこれまでの51万円から52万円に引き上げられた。そのほか、後期高齢者支援金等課税額分は16万円から17万円に、介護納付金課税額分も14万円から16万円にそれぞれ引き上げられている。
東京などの大都市に暮らす住民には、多くの市町村で国民健康保険に要する費用が「保険料」ではなく、「保険税」として課されていることはあまり知られていない。制度本来の趣旨は「料」なのだが、徴収や滞納処分の実効性を上げるため、全国市町村の約86%が「税」として課税・徴収しているのが現実だ。市町村は所得割・資産割・被保険者均等割・世帯別平等割の基礎課税額を組み合わせて課税している。
その賦課方式は全国一律ではなく、主に４方式（所得割・資産割・被保険者均等割・世帯別平等割）・３方式（所得割・被保険者均等割・世帯別平等割）・２方式（所得割・被保険者均等割）がある。しかも国保税の場合、納税義務者は個人単位ではなく、世帯主課税となっている。だから、夫が世帯主で会社の被用者保険加入者、妻が自営業で国保に加入している夫婦の場合、市町村から夫宛てに納税通知書が届く仕組みになっている。
加入者のうち、40歳から64歳の者は、介護保険の第２号被保険者となることから、別途介護分が加算される。また、徴収方法は、市町村により異なるが、口座振替等により納付する方法が一般的だ。公的年金受給者については、2008年から開始された後期高齢者医療制度の創設に伴い、特別徴収による公的年金からの天引きとなる（申請により口座振替に切り替えることも可能）。
なお、2015年度税制改正では、低所得者の国保税の軽減措置の対象を拡大するため、国保税の５割軽減及び２割軽減の対象となる世帯の軽減判定所得の引上げ等も行われている。具体的には、５割軽減該当者は、「基礎控除（33万円）＋26万円（改正前24.5万円）×（被保険者数＋特定同一世帯所属者数）」、また、２割軽減該当者は、「基礎控除（33万円）＋47万円（同45万円）×（被保険者数＋特定同一世帯所属者数）」で判定する。
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