하지만, 다음과 같은 경우에는 면제되지 않으므로 주의가 필요하다. (1) 상속으로 인해서 상속인이 피상속인의 사업을 승계한 년도에, 기준 기간이 되는 전전 년도의 피상속인의 과세 매출액이 1000만엔을 넘는 경우. (2) 상속으로 인해서 상속인이 피상속인의 사업을 승계한 년도의 다음 년도 및 다다음년도에, 피상속인의 그 기준 기간의 과세 매출액과 상속인의 그 기준 기간의 과세 매출액의 합계액이 1000만엔을 넘는 경우.
(3) 합병에 의해서 새롭게 설립된 법인 (합병 법인) 의, 그 합병이 있는 날의 사업년도에서 그 기준 기간에 대응하는 기간의 각 피합병법인의 과세 매출액으로 계산한 금액 중 하나가 1000만엔을 넘는 경우. (4) 분할 등에 의해서 새롭게 설립한 법인 (신설분할자법인)의, 그 분할이 있는 날의 사업년도에서 그 기준 기간에 대응하는 기간의 각 신설분할모법인의 과세 매출액으로 계산한 금액 중 하나가 1000만엔을 넘는 경우.
이어, (5) 해당 사업년도의 기준 기간이 없는 법인 중, 해당 사업년도 개시일의 자본금 금액이나 출자 금액이 1000만엔 이상인 법인. 이상과 같이 신규 개업한 개인사업자 및 신규 설립된 법인처럼, 해당 과세 기간의 기준 기간에 대한 과세 매출액이 없는 경우나 기준 기간이 없는 경우에는 원칙상 납세 의무가 면제되지만, (1)~(5) 와 같은 경우에서는 소비세 납세의무가 면제되지 않으므로 주의가 필요하다.
또한, 개인사업자가 법인으로서 신규 법인을 설립한 경우에는, 개인일 당시의 과세 매출액은 그 법인의 기준 기간의 과세 매출액에 포함되지 않는다. 또 설비 투자가 많이 있었을 경우, 수출업자처럼 매출과 관련된 소비세액보다 매입에 관련된 소비세액이 많아, 경상적으로 환급이 생기는 사업자에 대해서는, 면세업체라 하더라도 과세 사업자를 선택하는 것으로 인해 소비세를 환급받을 수 있다.
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※다음은 일본어 원문입니다.
個人開業や法人の新規設立のときの消費税の納税義務
＜消費税＞
個人事業者や法人のその課税期間の基準期間における課税売上高が1000万円以下である場合には、消費税の納税義務が免除される。この基準期間とは、個人事業者の場合は前々年、法人の場合は前々事業年度のことをいう。したがって、新たに開業した個人事業者や新たに設立された法人のように、その課税期間について基準期間における課税売上高がない場合や基準期間がない場合には、原則として納税義務が免除される。
しかし、次のような場合には免除されないので注意が必要だ。(1)相続によって相続人が被相続人の事業を承継した年において、基準期間となる前々年の被相続人の課税売上高が1000万円を超えている場合、(2)相続によって相続人が被相続人の事業を承継した年の翌年及び翌々年において、被相続人のその基準期間の課税売上高と相続人のその基準期間の課税売上高の合計額が1000万円を超える場合。
(3)合併によって新たに設立された法人（合併法人）のその合併があった日の事業年度で、その基準期間に対応する期間における各被合併法人の課税売上高として計算した金額のいずれかが1000万円を超えている場合、(4)分割等によって新たに設立した法人（新設分割子法人）のその分割があった日の事業年度で、その基準期間に対応する期間における各新設分割親法人の課税売上高として計算した金額のいずれかが1000万円を超える場合。
さらに、(5)その事業年度の基準期間がない法人のうち、その事業年度開始の日における資本金の額又は出資の金額が1000万円以上である法人。以上のように、新たに開業した個人事業者や新たに設立された法人のように、その課税期間について基準期間における課税売上高がない場合や基準期間がない場合には、原則として納税義務が免除されるが、(1)～(5)のようなケースでは消費税の納税義務が免除されないので注意したい。
なお、個人事業者がいわゆる法人成りにより新規法人を設立した場合には、個人当時の課税売上高はその法人の基準期間の課税売上高に含まれない。また、設備投資が多額にあった場合や、輸出業者のように売上に係る消費税額よりも仕入れに係る消費税額が多く、経常的に還付が生じる事業者については、免税事業者であっても課税事業者を選択することによって、消費税の還付を受けることができる。
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