(조세금융신문=법무법인 린 설미현 변호사)
Ⅰ. 자사주 취득, 경영 전략인가 세무 리스크인가
최근 기업들이 다양한 목적으로 자사주를 취득하는 사례가 늘고 있다. 자사주 취득은 경영권 안정, 주주환원 정책, 또는 지배구조 정비를 위한 수단으로 활용된다. 특히 비상장회사에서는 오너 지분 정리나 경영권 승계를 위한 수단으로 활용되는 경우가 많다.
그러나 자사주 취득은 단순한 회사 내부 거래로 보일수 있지만 세법상으로는 다양한 과세이슈가 발생할 수 있다. 특히 취득 목적과 거래 구조에 따라 배당으로 간주되거나, 법인세법상 부당행위계산 부인 대상이 되거나, 업무무관 가지급금 문제로 이어질 수 있어 실무상 주의가 필요하다.
이 글에서는 기업 실무에서 자주 문제되는 자사주 취득 관련 주요 세무 리스크를 살펴본다.
Ⅱ. 자사주 취득과 ‘배당 간주’ 문제
자사주 취득이 세무상 가장 먼저 문제되는 부분은 배당으로 간주될 가능성이다.
상법상 회사는 일정한 요건 아래 자기주식을 취득할 수 있으며, 자사주 취득 자체가 곧바로 세법상 문제를 발생시키는 것은 아니다. 그러나 특정 주주로부터 주식을 취득하면서 그 대가가 실질적으로 이익의 분배에 해당한다고 판단되는 경우에는 세법상 배당으로 간주될 수 있다.
예를 들어, 특정 주주만을 대상으로 자사주를 취득하거나, 정상적인 거래가액을 초과하여 주식을 매입하는 경우에는 실질적으로 해당 주주에게 회사의 이익을 이전한 것으로 평가될 수 있다. 이러한 경우 세법상 배당으로 보아 과세가 이루어질 수 있으며, 특히 대주주가 관련된 거래에서는 과세관청의 검토가 더욱 엄격해지는 경향이 있다.
Ⅲ. 특수관계 거래와 부당행위계산 부인
자사주 취득 거래가 특수관계인과 이루어지는 경우에는 법인세법상 부당행위계산 부인 규정도 문제될 수 있다.
특히 다음과 같은 경우 과세관청이 문제 삼는 사례가 많다.
고가로 자사주를 취득하는 경우
지배주주에게 고가로 자사주를 취득하는 경우
취득을 통해 특정 주주의 지분율을 인위적으로 조정하는 경우
이러한 거래가 정상적인 경제적 합리성을 갖추지 못한 것으로 판단되면, 과세관청은 거래가액을 시가로 재계산하거나 해당 금액을 손금으로 인정하지 않는 방식으로 과세할 수 있다.
특히 비상장회사에서는 주식의 시가 산정 자체가 쟁점이 되는 경우가 많기 때문에, 거래 전 주식가치 평가에 대한 검토가 필요하다.
Ⅳ. 세무조사에서 문제되는 자사주 취득 구조
최근 세무조사에서는 자사주 취득이 형식적으로는 회사의 자기 주식 취득이지만, 실질적으로는 지배주주의 지분 정리를 위한 수단으로 사용된 사례가 문제된 바 있다.
과세관청은 이러한 거래가 회사의 이익을 특정 주주에게 이전한 것으로 판단될 경우 소득세법상 의제배당 규정과 법인세법상 부당행위계산 부인 규정을 동시에 검토하는 경향을 보이고 있다.
예를 들어, 회사가 특정 주주로부터 자사주를 취득한 후 이를 다시 다른 주주에게 이전하거나, 회사 자금이 사실상 특정 주주의 주식 취득에 사용되는 경우에는 거래의 실질이 중요한 판단 기준이 된다. 이러한 경우 과세관청은 거래 형식보다는 경제적 실질을 중심으로 과세 여부를 판단하는 경향을 보인다.
실무에서 종종 문제되는 또 다른 유형은 회사 자금을 활용하여 지배주주의 지분을 정리하는 구조이며, 회사 자금이 사실상 특정 주주의 주식 취득에 사용되는 경우 ‘업무무관 가지급금’ 또는 ‘부당한 이익 제공’으로 판단될 가능성이 있다.
Ⅴ. 맺음말
자사주 취득은 기업 경영 전략의 하나로 널리 활용되는 제도이지만, 거래 구조에 따라 예상하지 못한 세무 리스크가 발생할 수 있다. 따라서, 기업은 자사주 취득을 단순한 주식 거래로만 볼 것이 아니라, 거래 구조와 세무적 영향을 종합적으로 검토할 필요가 있다.
사전에 충분한 검토를 거친다면 자사주 취득은 기업 지배구조 정비와 주주가치 제고를 위한 유용한 수단으로 활용될 수 있을 것이다.

[프로필] 설미현 (유)법무법인 린 파트너 변호사
· 서울대 경제학부 졸업
· 변호사시험(2회) 합격
· 국세청 개인납세국, 서울지방국세청 국제거래조사국 등 근무
· 2025년 3월 법무법인 린 파트너 변호사로 합류
[주요 저서 및 활동]
· 국제조세 분야 박사학위
· 조세·국제조세 관련 신문 칼럼 및 전문지 기고 (한국경제, 조세금융신문 등)
· 국세청 과세사례, 조세심판원·행정법원 판례 분석
· 기업 경영자·전문가 대상 세무조사 대응, 불복 절차 강의
· 국제조세·디지털세·가상자산 과세 관련 학술 세미나 발표
(※) 설미현 변호사는 국세청 10여 년의 경력을 가진 변호사로 실무경험을 토대로 특히 조세법(국제조세 포함), 행정법, 상속·증여세, 기업 세무 리스크 관리에 대한 조언에 강점을 가지고 있습니다. 법무법인 린에서 파트너 변호사로서 심층적인 법률·계약 분석 능력을 통해 실질적으로 도움이 되는 자문 및 소송을 수행합니다. 고객·의뢰인의 산업 특성을 반영한 맞춤형 솔루션을 제시합니다.
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