(조세금융신문=안종명 기자) 정부가 지난 10일 국회 기획재정위원회 국정감사에서 진선미 의원의 질의한 내용을 수용, 장애인 콜택시 사업비에 대한 부가가치세 면제가 이뤄질 전망이다.

현행법상 '지방공단'이 자치단체로부터 사업을 운영할 경우엔 부가세가 면제되는데, '지방공사'가 하게 되면 부가세를 내야만 했다.

공단은 경제정책상 요청을 충족시키기 위해 정부의 전액출자에 의해 설립된 법인기업이며, 공사는 공공성과 기업을 조화시킨 형태로 특별법에 의해 정부 출자로 설립되는 법인체형 공기업이다. 

따라서 기존 2017년부터 적용해왔던 장애인 콜택시에 대한 조세특례제한법이 서울과 부산시는 부가가치세가 면제인데 인천시, 대전시, 세종시 지역공사는 부가가치세가 부과되고 있었던 상황이었다.

진선미의원은 지난 30일 보도자료를 통해 "이러한 장애인 콜택시 위탁 운영과 관련해 지역별로 세금을 차등 부과하는 실태가 개선됐다"고 밝혔다.

진선미 의원실에 따르면 2023년 기획재정부·국세청 국정감사에서 동일한 업무대행용역을 제공하고 있음에도 위탁운영 주체에 따라 과세 및 면세 적용을 달리하는 것은 현행 법에 어긋나며 형평성에 위배됨을 지적했다.

실제로 지난해 인천시와 인천교통공사에 따르면 인천교통공사는 장애인 콜택시, BRT(간선급행버스체계), 청라 GRT(유도고속차량) 등을 인천시에 대신해 운영하고 있다. 이들 사업에 투입되는 인천시 보조금은 연간 약 300억원이었으나 과세당국은 이 보조금이 인천교통공사의 매출에 해당하는 만큼 부가가치세를 내야 한다는 입장이었다.

인천교통공사는 해당 사항에 공익성이 큰 사업으로 인천교통공사가 사업 운영으로 가져가는 수익은 없다며 법적 대응을 검토해왔다.

다행히 기획재정부는 최근 관련 법령 개정에 착수해 장애인 지원 필요성과 과세 불합리성 해소 차원에서 '조세특례제한법 시행령'의 장애인 콜택시 위탁 운영기관에 대한 부가가치세 면제 규정을 명시하도록 해 개정령 계획을 발표했다.

이러한 조특법 시행령 개정에 따라 2022년 기준으로 전국의 장애인 콜택시 위탁 운영에 30억원 가까이 부과되었던 부가가치세가 올해부터 과세되지 않아 운영상 세부담이 덜어질 것으로 보인다.

한편 정부의 2023년 세법개정 후속 시행령 개정안은 20일간의 입법 예고 기간 동안 국민의 의견을 수렴하고 이후 차관회의·국무회의 등의 절차를 거쳐 2024년 2월 중 공포·시행될 예정이다.

개정령은 시행일이 속하는 과세기간 공급 분부터 적용한다.

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