(조세금융신문=신경철 기자) 국세청이 양도소득세 이월과세 관련 소송에서 패소했음에도 관련 예규를 정비하지 않아 납세자에게 부담을 주고 있다는 사실이 드러났다.

감사원은 ‘반복적 조세불복 사건’ 처리실태 감사 결과 ‘양도소득세 이월과세 관련 예규 불합리’ 등 총 7건의 위법·부당사항 및 제도개선사항이 확인됐다고 6일 밝혔다.

감사원에 따르면 분당세무서는 지난 2015년 양도소득세 부과와 관련한 소송에서 패소했다. 당시 서울고등법원은 판결문에서 “국세청 예규대로 해석하면 ‘조세특레제한법’ 제32조의 실효성을 크게 감소시킨다”며 국세청의 부과처분이 위법하다고 판결했다. 이에 국세청은 대법원에 상고했다가 패소가 예상되자 2015년 9월 30일 양도소득세 부과처분을 직권 취소했다.

국세청은 위 판결 이후에도 관련 예규를 정비하지 않은 채 그대로 두었다. 이후 경기광주세무서는 같은 쟁점 사안에 대해 양도소득세를 부과·고지함에 따라 납세자의 조세불복을 초래했다.

감사원은 “국세청이 위 판결 이후에도 기존 예규를 존치할 경우, 동일한 문제점이 반복될 가능성이 있으므로 판결 취지 등을 고려해 이월과세를 배제하지 않도록 과련 예규를 정비하는 것이 바람직하다”고 지적했다.

이어 감사원은 “국세청장은 법인전환 예정인 개인사업자가 법원으로부터 물상보증채무액을 현물출자액에서 공제해 자본금을 인가받은 경우 양도소득세 이월과세의 적용을 배제하지 않도록 관련 예규를 정비하라”고 국세청에 통보했다.

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