위 자경농지에 대한 감면은 육농정책의 일환으로 농민의 농지 양도에 따른 조세부담을 경감시켜 주기 위한 것이고, 농지투기를 방지하기 위해 8년 자경기간 및 3년 이내 양도라는 제한 규정을 두고 있다.
위에서 농지소재지라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역을 말한다.
① 농지가 소재하는 시(특별자치시{현재는 ‘세종시’가 유일함-필자주}와 행정시{현재는 ‘제주시’와 ‘서귀포시’가 유일함-필자주} 포함) · 군 · 구(자치구인 구를 말함)안의 지역
② 위 1호의 지역과 연접한 시 · 군 · 구안의 지역
③ 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역
위의 해당 농지소재지의 토지라 하여 모두 감면이 되는 것은 아닌 바, 양도일 현재 특별시 · 광역시 또는 시(도농복합 도시의 읍 · 면 지역 및 행정시는 제외)에 있는 농지 중 [국토의 계획 및 이용에 관한 법률]에 의한 주거지역 · 상업지역· 공업지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지는 감면 대상이 아니다(다만, 대규모개발사업의 시행 등으로 [국토의 계획 및 이용에 관한 법률]에 의한 주거지역 · 상업지역· 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행의 지연 등으로 인해 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지 등은 감면대상임.[조특법시행령 제66조 4항1호각목]).
이는 시외지역 등의 농지가 도시개발로 인해 도심지역의 주거지역 등으로 편입되는 경우 해당 농지는 더 이상 육농정책을 위한 농지로서의 지위가 약해졌기 때문에 감면 대상에서 제외하는 것이다.
아래 사례는 8년 자경을 만족한 농지가 일반주거지역으로 지정 · 고시되고 이후 대규모 택지개발사업이 시행되어 주거지역으로 편입된 후 3년이 지나서 8년 자경농지를 양도하여 감면이 배제된 사례로서 대법원까지 상고하였으나 원고가 패소한 사건이었다.
◆사건 개요 – 서울행법2011구단19256(2012.03.06)
원고는 1993.5.4 성남시 수정구 XX동 소재 田(약 800 m2 , 이하 ‘이 사건 토지’) 을 소유하다가 2009.3.6. 한국토지공사에 양도하였다. 원고는 이 사건 토지가 8년 이상 자경 농지로서 조특법 제 69조의 감면대상이라고 하면서 2억원의 세액감면(감면세액 한도액-필자주)을 적용하여 양도소득세 78백만원을 신고하였다.
그러나 피고는 2010.12.1. 원고에 대하여, 이 사건 토지가 주거지역에 편입된 날로부터 3년이 지나 양도되어 자경농지 감면대상이 아니라고 보아 139백만원을 경정 결정 · 고지하였다.
이에 원고는 심판청구 하였으나 기각되어 행정소송을 제기하였다.
◆행정법원 “ 주거지역 편입 후 3년 후 양도하였으므로 감면요건 갖추지 못함”
행정법원은 다음과 같은 사정을 들어 원고의 청구를 기각하였다.
① 이 사건 토지는 개발사업이 시행되기 전에 주거지역에 편입되었고, 그로부터 3년이 지나 양도 되었으며
② 원고의 주장 중 주거지역 편입일 이전까지의 소득에 대해서라도 감면하여야 한다는 주장에 대해 살펴보면, 해당 규정인 조특법 제69조 제1항 단서는 조특법 제69조 본문 소정의 자경농지에 대한 감면요건을 갖춘 경우에 그 감면되는 세액의 범위에 관하여 정하는 것으로 이사건 토지에 적용될 여지가 없다.
◆추가 쟁점사항 – 과세관청 등의 예규가 갖는 법률적 위치
위 사건의 관련 법률 중 조특법 시행령 제66조4항1호의 각목 중 다목이 2013.2.15 신설되었는데 그 규정은 다음과 같으며 이는 주거지역 등에 편입 후 3년 이후 양도한 경우에도 감면이 되는 예외 규정이다.
조특법 시행령 제66조 4항 1호 다목
[국토의 계획 및 이용에 관한 법률]에 의한 주거지역 · 상업지역· 공업지역에 편입된 농지로서 편입된 후 3년 이내에 대규모개발사업이 시행되고, 대규모개발사업 시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날로부터 3년이 지난 경우(대규모개발사업지역 안에 있는 경우로 한정한다)
위 다목은 이 사건의 경우와 정확하게 일치하는데, 위 다목 규정이 신설되기 전에 다음과 같이 기획재정부의 예규에서 이미 감면대상으로 규정하고 있었다.
재재산46014-130(1999.04.19)
조특법 제 69조 및 동법시행령 제 66조에 의한 자경농지가 도시계획법에 의하여 주거 상업 및 공업지역으로 편입된 후 양도소득세가 면제되는 기간(3년)내에 다시 대규모 개발사업시행지역으로 편입되어 3년이 지난 농지를 양도하는 경우에는 동법의 규정에 의하여 양도소득세가 면제됨을 알려드립니다.
또한 2013.2.15. 다목이 신설될 때 기획재정부의 개정이유 해설에서도 아래와 같이 예규상으로 감면을 적용한다고 명시하고 있었다.
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31. 대규모 개발사업 시행지역 등의 양도세 감면 자경농지 대상 명확화(조특령 §66①ㆍ④) 주거지역 등에 편입된 후 3년 이내 양도 농지 또는 대규모 개발사업 시행으로 인해 주거지역 등에 편입된 후 보상 지연 등으로 3년 경과 양도한 농지에 대해서는 조문상 감면적용이 명확하나, |
이와 같이 이미 이 사건 토지가 양도될 당시에 과세관청의 예규에 따라 감면이 되는 사안이었는데 왜 조세심판원 및 법원에서는 해당 예규를 판결에 반영하지 않았을까?
일반적으로 판례의 사례들을 보면, 과세관청이 법률에 명시되지 않은 구체적 사안의 예규 및 통칙 등으로 납세자에게 불리한 과세처분을 하여 납세자가 불복을 하는 경우 조세법률주의에 입각하여 해당 예규에 반하는 판결을 하는 경우는 종종 있다. 하지만 위 사례처럼, 납세자에게 유리한 예규가 있음에도 과세관청이 과세처분을 한 경우에는 납세자가 불복을 할 때 해당 예규를 불복이유로써 적극적으로 제기를 하여야 판결에 긍정적인 영향을 미칠 수 있는 것이 현실이다.
위 사례의 원고의 청구주장에서 위 예규를 제기한 것이 드러나지 않는 것을 보면 원고의 세무대리인이 충분한 검토를 하지 못한 것으로 추측이 되어 안타까울 뿐이다(또한, 2심 및 대법원 판결은 2013.2.15. 개정 시행령 이후에 확정이 되었는데 ‘개정이유’만 확인했더라도 판결에 긍정적인 영향을 미쳤을 것이다).
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