(조세금융신문=김종규 기자) 조세심판원은 청구인이 쟁점토지를 취득할 당시 취·등록세를 납부한 사실이 확인되므로 처분청이 이를 추가산입 필요경비로 보아 과표와 세액을 경정해야 한다는 심판결정례를 내놓았다.

처분개요에 의하면 청구인은 1993.1.30. 000로부터 000소재 000공장용지 3,173㎡(쟁점토지)를 분양받아, 1994년 7월~1997년 5월 기간 동안 2차에 걸쳐 건물(쟁점건물)을 신축 및 증축을 하였다.

또 청구인은 2019.2.28. 쟁점토지와 쟁점건물을 양도한 후 양도가액을 000, 취득가액을 000으로 하여 2019년 귀속 양도소득세 000을 신고· 납부하였다.

그러나 처분청은 000에 쟁점토지 분양가액 조회를 의뢰한 결과 쟁점토지 분양가액이 000이라는 사실을 확인하고, 청구인에게 쟁점토지 취득가액에 대한 소명을 요청하였다.

처분청은 청구인이 토지에 대한 자본적지출액이 포함되어 있다고 주장할 뿐 구체적 입증자료를 제시하지 아니한 것으로 보아, 쟁점토지 취득가액으로 000만 인정하고 나머지 000은 부인하여 2020.2.12. 청구인에게 2019년 귀속 양도소득세 000을 경정·고지하였다.

청구인은 이에 불복, 2020.2.21.이의신청을 거쳐, 2020.6.23. 심판청구를 제기하였다.

청구인은 세무대리인에게 쟁점토지의 장부계상 금액에 대한 증빙을 요청했으나 세무대리인은 25년 간 청구인의 장부를 기장하는 동안 수기신고서에서 전산신고로 변경되고, 전산도입 이후에도 프로그램을 업데이터 하는 등 과정에서 많은 자료가 정상적으로 이월되지 않아 현재 쟁점토지계정에 수록된 금액에 대한 세부 내용을 명확히 확인할 수 없고, 관련 원시증빙도 부과제척기간이 경과하면 오래된 서류부터 폐기하기 때문에 쟁점토지 장부계상 금액을 확인할 수 있는 방법이 없다는 것이다.

청구인은 쟁점지출액을 입증할 만한 공사계약서, 세금계산서, 금융증빙 등 객관적 서류를 보관하고 있지 않지만 청구인이 파일공사 등을 한 사실은 현장사진 등에 의해 확인되고 다음과 같이 공사비용 취·등록세 및 설계감리비 등을 쟁점건물 등 구축물 계정에 반영한 사실이 없으므로 당연히 쟁점토지 계정에 반영되었다고 보는 것이 타당하다. 따라서 청구인은 쟁점지출액을 비용으로 인정하지 아니한 이 건 처분은 위법하다고 주장했다.

한편 처분청은 청구인이 쟁점토지에 대한 취득가액으로 신고한 재무제표 상 장부가액에 대하여 검토하였으나, 토지 분양가액만 확인되고 나머지 토지에 대한 자본적지출액이라고 주장하는 쟁점지출액에 대해서는 공사계약서, 세금계산서, 금융증빙 등 공사금액이 확인되는 직접적인 증빙을 제시하지 못하고 있다는 것이다. 따라서 이 건 처분은 정당하다는 의견이다.

또 처분청은 청구인이 쟁점건물 신축 및 증축 관련 건축허가신청 등 허가서류와 건축설계도, 도급계약서 등 모든 서류를 보관하고 있으면서 파일시공 등과 관련된 서류를 보관하고 있지 않다고 주장하고 있으나, 도급계약서 등은 공급시기, 공급가액 등 판단을 위한 필수서류로, 일부 도급계약서는 청구인이 현재까지 보관하고 있으면서 별도 공사라고 주장하는 계약서 등은 세무사 사무실에 넘겨줘 보관하고 있지 않다는 주장은 믿기 어렵다는 것이다.

뿐만 아니라 통상 회계사무실에서는 장부보존 연한이 경과하면 의뢰인에게 반납하는 것이지 보존연한이 경과하였다고 일방적으로 파기하지 않는다는 의견을 냈다.

조세심판원은 쟁점건물 설계도에 파일공사, 마당공사 등이 포함되어 있지 않았다는 사실만으로 당연히 공사비용이 쟁점토지 계정에 포함되었다고 단정할 수도 없는 점 등에 비추어 청구인은 쟁점지출액이 토지계정에 포함되었다는 사실을 충분히 입증하였다고 보기 어려운 것으로 판단했다.

그러나 다만, 심판원은 000의 회신내역에 따르면 청구인은 쟁점토지를 취득할 당시 취·등록세 000을 납부한 사실이 확인됨에도 불구하고 처분청은 쟁점토지 분양가 000만을 필요경비로 인정하였으므로, 쟁점토지 취·등록세 000은 필요경비로 인정할 수 있다고 판단했다.

따라서 처분청의 이 건 처분 중 쟁점토지 취·등록세 000을 필요경비로 인정하지 아니한 부분은 잘못이 있다할 것이나, 쟁점지출액 중 000을 제외한 나머지 금액을 필요경비로 인정하지 아니한 부분은 잘못이 없다고 심리판단, 주문과 같이 경정결정(조심 2020부2384, 2020.11.30.)을 내렸다.

[주 문]

☎000세무서장이 2020.2.12. 청구인에게 한 2019년 귀속 양도소득세 000의 부과처분은 청구인이 납부한 취·등록세 000을 필요경비에 추가로 산입하여 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

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