(조세금융신문=정종희 회계사)조세특례제한법상 법인세 관련 세액공제 중 연구∙인력개발비 세액공제는 실무상 기업들이 가장 많이 혜택을 받는 세액공제 항목이다. 연구·인력개발비 세액공제의 취지는 기업들에게 기술 및 인력개발비 투자에 대해 보다 많은 세액공제 혜택을 줌으로써 기술 및 인력개발을 촉진하려는 데에 있다 할 것이다((대법원 2002. 1. 22. 선고 2000두3115).

연구∙인력개발비 세액공제 대상이 되는 주요 비용은 다음과 같다(조특법시행령 별표6).
1.전담부서 등에서 근무하는 직원(연구요원 및 연구업무를 직접적으로 지원하는 자 등)에 대한 인건비.
2.전담부서 등에서 연구용으로 사용하는 견본품 ∙ 부품 ∙ 원재료와 시약류 구입비(외주가공비 포함).
3.전담부서 등에서 직접 사용하기 위한 연구 ∙ 시험용 시설의 임차비용 등.
4.대학∙국공립연구기관 등에 과학기술분야의 연구개발용역 등을 위탁함에 따른 비용 등.

위 비용 중 기업들이 가장 많이 세액공제 대상으로 하는 비용은 ‘1. 연구요원 등의 인건비’인데 그 성격상 금액이 적지 않고 기왕에 필요한 연구∙개발업무라면 최소한 그 업무에 대한 직원의 인건비는 필수 비용이라 할 것인바 기업 입장에서는 추가 비용을 들이지 않고 세액공제를 받을 수 있는 항목이기 때문일 것이다.  

하지만 적지 않은 기업들은 법에서 정한 요건에 해당하지 않는 인건비를 세액공제 비용으로 포함하여 세제 혜택을 신청하고 있는 것이 실정이다. 

예를 들어, 일반 사무업무를 주 업무로 하면서 연구∙개발 업무를 단순히 보조하는 직원의 인건비, 법에서 제외토록 하고 있는 퇴직소득(퇴직급여충당금 포함) 등을 세액공제 비용에 포함하여 세제 혜택을 받는 것이다. 

아래 사건은 청구법인이 연구업무와 직접 관련 없는 업무를 병행하고 있는 직원의 인건비를 세액공제 대상 비용에 포함하여 세액공제를 받아 경정∙ 처분을 받은 사례이다.

◆연구원으로 등재되어 있지 않고 전담연구요원이 아닌 직원의 인건비에 대한 세액공제 여부

<청구법인의 주장>
연구소를 설립하고 관련 기관으로부터 기업부설연구소로 인정을 받은바 있어 법에서 정한 전담부서에 해당하고, 처분청이 세액공제 대상 인건비에서 제외해야 한다는 인원(이하 “쟁점연구원”)은 동 기술연구소의 Project Management 팀 소속으로 프로젝트의 연구 및 개발을 전업으로 수행하고 있는 사실이 연구소의 조직도, 연구개발업무리스트 등에 의해 확인된다.  

처분청은 연구소에서 항시 근무하는 연구원에 대해서만 세액공제 대상이라는 의견이나, 정보화시대에 업종의 특성을 감안하지 아니하고 일률적으로 독립된 공간에 격리되어 근무하여야 하는 것을 감면요건으로 적용할 수 없는 것(국심 2004서629,2004.12.15.)인바, 쟁점연구원들은 울산광역시에 소재하는 고객을 담당하게 되어 불가피하게 오피스텔을 임차하여 업무를 수행한 것일 뿐이고 타 연구원들과 동일하게 테스트, 승인 등 연구개발에 따른 제반∙절차를 모두 수행하고 있으므로 쟁점연구원에 대한 인건비는 세액공제 대상이다. 

◆조세심판원 “ 연구업무와 직접 관련 없는 업무를 병행하는 직원의 인건비는 세액공제 대상에서 배제 되어야 ”

<조세심판원의 주장>
쟁점연구원은 한국산업기술진흥협회의 연구원으로 등재하지 않은 점, 청구법인이 제시한 연구소의 구성내역 및 팀별 주요업무에서 쟁점연구원이 속한 팀의 주요업무에 연구업무와 직접 관련이 없는 ‘고객 및 본사 업무 대응’이 포함되어 있고 동 업무는 쟁점연구원의 업무 중 일부로 보이므로 처분청의 과세처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

참고: 조심-2015-전-1070 (2015.05.19)

◆연구업무와 일반업무를 병행하는 직원의 인건비 전액을 세액공제 대상에서 제외 하는 것이 법 취지에 부합하는지

위 사례에서 조세심판원은 쟁점연구원이 전담연구원이 아니고 일반업무를 병행하는 연구원이라는 이유로 쟁점연구원의 인건비 전액을 세액공제 대상에서 제외하는 것이 옳다는 판단을 하였다. 

하지만 전담부서 등에서 연구업무에 종사하는 연구요원이 아니더라도 법에서는 추가로, 연구요원의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자에 대한 인건비를 세액공제 대상에 포함하고 있는데, 후단 내용 및 연구∙인력개발비 세액공제의 취지를 고려할 때, 연구업무를 직접적으로 지원하는 업무와 그 외 업무의 비중을 구분하여 연구업무를 직접 지원하는 업무에 해당하는 인건비는 세액공제 대상으로 하는 것이 옳지 않을까 하는 필자의 소견이다.

물론 법률 해석은 합리적 이유 없이 확장∙해석하거나 유추∙해석하는 것은 허용되지 아니한다(대법원 2009. 8.20. 선고 2008두11372 판결, 2006. 5. 25. 선고 2005다19163 판결 등).

하지만 실무적으로 전담부서 연구원으로 등록 된 연구원이라고 해서 연구개발 업무만 수행할 수 있을까? 또한 연구요원의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자의 기준은 관련 법 어디에도 없다. 

직접적이냐 아니냐는 너무나 주관적인 판단 사항이 될 수 밖에 없으며, 이런 판단 사항을 납세자에게 책임 지우는 것은 관련 법이 보완 ∙ 개정되어야 할 점이라 하겠다.

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