합병(및 분할)에 대한 법인세법의 과세체계는 2010년 7월 1일 이후 크게 개정되었는데, 피합병법인의 자산·부채를 피합 병법인이 합병법인에 양도하는 개념으로 보아 과세하도록 한것이다.

합병은 크게 적격합병과 비적격합병으로 구분하여 과세하는바, 적격합병의 법정 요건을 만족할 경우 합병 당사 법인의 선택으로 합병 시점에 피합병법인의 양도손익에 대해 과세하지 않고 합병법인에서 그 양도손익 상당액에 대해 과세된다.

이는 합병 시점에 일시적인 세액 부담을 이연하여 합병 이후 합병법인에게 과세함으로써 기업의 구조조정을 지원하기 위함이다.

합병할 경우 피합병법인의 자산 및 부채를 시가로 평가하고 여기에 피합병법인의 미래 사업성을 평가하여 적정한 합병대가를 산정하게 되는데 일반적으로 회계상 ‘영업권’이라는 무형자산이 발생하게 된다.

이 영업권은 피합병법인의 순자산시가를 초과하는 사업상의 가치에 대해 합병대가로 지급한 금액인데 이 영업권의 합병 시점 이후 세무상 처리가 합병 세무의 쟁점이 된다.

예를 들어, 피합병법인의 순자산장부금액 100, 순자산시가 150, 합병대가 180인 경우 피합병법인의 양도차익은 80[180-100]이 되고 합병법인의 영업권은 30[180-150]이 되는데 이 합병으로 인해 과세가 되어야 할 총금액은 양도차익인 80이다.

적격합병의 경우에는 80에 대해 합병법인이 합병 이후 80을 세무상 손금으로 인정되지 않는 방법으로 과세가 되고, 비적격합병의 경우에는 피합병법인이 80의 양도차익에 대해 합병시점에 과세하게 되고 합병법인은 80에 대해 합병 이후 세무상 손금산입이 되어 추가 과세는 되지 않는다.

하지만 비적격합병의 영업권에 대해서는 세무상 손금산입대상 영업권이 되는 요건을 엄격하게 판단하여 영업권의 상각액 등에 대해 손금으로 인정하지 않는 경우가 많다.

아래 사건은 비적격합병 시 합병법인이 계상한 영업권이 세무상 손금산입대상 영업권인지에 대한 사례이다.

조세심판원 “쟁점영업권은 법정 요건에 따른 사업상 가치가 있다고 보아 지급한 대가로 보임”

사건 경위
1. 2014년 12월 19일 합병 발생
2. 2014년도 법인세 신고 시 합병법인은 영업권을 세무상 손금산입대상 영업권에 해당하지 아니하는 것으로 보아 관련 상각비를 손금 계상하지 않음
3. 2015년 11월 해당 영업권이 세무상 손금산입대상 영업권에 해당되므로 영업권 상각비를 손금 산입하여야 한다는 취지로 이의신청하였으나 거부되어 심판 청구함

조세심판원 판단
조세심판원은 아래와 같은 판단으로 청구인의 청구를 받아들였다.

① 합병법인이 피합병법인의 영업권을 별도로 분리하여 평가하지는 않았더라도 피합병법인이 갖고 있는 여러 장점을 전체로서 영업권으로 파악·평가하여도 기업 거래 관행이나 회계원칙상 부당한 것으로 보이지 않는 점,

② 합병 전 합병법인의 내부 기안문서에 의하면 쟁점합병이 사업상 시너지를 얻기 위한 것으로 되어 있고,

③ 외부회계법인의 평가의견서에서도 쟁점 영업권은 쟁점합병 이후 창출될 것으로 기대되는 사업상 시너지에 대한 대가를 지급한 것으로 보이는 점,

④ 따라서 쟁점영업권은 사업상 가치가 있다고 보아 대가로 지급한 것으로 보임.
<참고 : 조심-2016-중-1693(2017.08.10.)>

쟁점 사항
합병에 대한 과세 체계는 그것이 적격/비적격 합병인지 여부와 무관하게 피합병법인의 양도차익에 대해서는 과세가 되는 것이고 다만 그 세부담의 시기 및 당사자가 누구인지 달라질 뿐이다.

만약 위 사건의 합병이 적격 합병이었더라면 합병법인은 피합병법인 개별 자산의 시가 차액(시가와 장부가액의 차이)뿐 아니라 영업권에 해당하는 금액에 대해서도 세무상 손금산입이 될 수 없으며 이는 피합병법인이 합병으로 인한 양도차익에 대해 세부담을 하지 않기 때문이다.

즉, 적격합병일 경우에는 피합병법인의 양도차익에 대해 합병법인(피합병법인이 아니라)이 합병 시점 이후(합병이 발생한 시점이 아닌 그 이후 시점) 과세되는 점에 유의해야 한다.

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