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2026.02.13 (금)


[예규·판례]자경사실 불분명해 감면부인 양도세 과세타당

심판원, 비사업용토지로 보아 장기보유특별공제 배제 입증책임 납세자에게 있어

(조세금융신문=김종규 기자) 조세심판원은 청구인이 제시한 증빙만으로는 쟁점토지를 자경한 사실이 객관적으로 입증되었다고 보기는 어렵다고 판단했다. 이에 따라 심판원은 자경농지 감면을 부인하고 비사업용토지로 보아 장기보유특별공제를 배제, 과세한 처분은 잘못이 없다는 심판결정례를 내놓았다.

 

심판청구 내용에 의하면 청구인은 1991.5.14. 취득한 000 전 1,329㎡, 같은 리 000 전 1,000㎡, 같은 리 000전 10㎡를 2016.8.29. 아들에게 000원에 양도하고, 2016.10.31. 장기보유특별공제를 적용하여 2016년 귀속 양도소득세 000원을 신고납부하였다가, 2016.11.30. 처분청에 쟁점토지를 조세특별제한법 제69조에 의한 8년 이상 자경한 농지라하여 감면(감면세액 000원)을 적용하여 신고납부한 양도소득세 중 000원의 환급을 경정청구하였다.

 

처분청은 2017.4.26.부터 2017.5.16.까지 청구인에 대한 양도소득세를 조사하여 청구인이 쟁점토지를 자경하였는지 불분명한 것으로 보아 자경감면을 부인하고, 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 배제하여 2017.9.6. 청구인에게 2016년 귀속 양도소득세 000원을 경정·고지하였다. 청구인은 이에 불복, 2017.9.29. 이의신청을 거쳐 2018.6.12. 심판청구를 제기하였다.

 

청구인은 당초부터 쟁점토지 양도를 자경농지의 양도로 보아 양도소득세를 감면하여양도소득세를 신고하여야 하였음에도 세무대리인이 청구인에게 부동산임대소득이 있어 자경감면요건을 충족하지 못하는 것으로 착각하여 자경감면을 재제한 채 양도소득세를 신고납부하였고, 곧 세법을 잘못 적용한 사실을 알고 한 달 뒤 자경감면을 적용하여 양도소득세를 경정청구하였다.

 

그러나 처분청은 이 경정청구를 이유로 양도소득세를 조사한 후 쟁점토지에 대한 자경감면을 부인하고 나아가 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율까지 적용하는 것은 부당하다고 주장했다.

 

처분청에 의하면 청구인은 000동 주민자치위원장, 000 연구회 고문, 000문화원 이사를 역임하였고, 2014년 6.4. 000시장 선거시 및 2016년 000시장 재보궐선거시 예비후보로 등록한 사실이 나타나고, 2015년 10월에는 000발전전략연구소를 출범시킨 것으로 나타난다.

 

또한 청구인이 제시한 농자재 구입내역, 농기계 임대내역, 농작물 출하내역, 확인서 등에 의하면 청구인이 다른 직업을 가진 상태에서 쟁점토지를 간헐적으로 경작하였다고 볼 수는 있겠으나 8년 이상 자경하였다고 보기는 어렵다는 의견을 냈다.

 

한편 조세심판원에 따르면 청구인은 쟁점토지를 8년 이상 자경하였다고 주장하나, 항공사진 등에 의하면 쟁점토지가 평탄하지 않고 여러 개로 단락져 있어 장기간 체계적으로 쟁점코지가 영농에 사용되었는지 불분명하고, 청구인이 여러 증빙(농지원부, 경작사실 확인서, 사진, 농자재 구매내역 및 농산물 출하내역 등)을 제시하나 이러한 증빙만으로 청구인이 쟁점토지를 자경한 사실이 객관적으로 입증되었다고 보기는 어렵다는 것이다.

 

또한 심판원은 청구인의 여러 정치 사회활동 및 재산 소득상황에 비추어 농업을 주업으로 하였는지 불분명해 보이는 점 등에 비추어 처분청이 청구인의 쟁점토지 자경사실이나 그 기간이 불분명한 것으로 보아 쟁점토지 양도에 대하여 자경감면을 부인하고, 비사업용 토지의 양도로 보아 장기보유특별공제를 배제하여 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 심리판단, 기각결정(조심2018중2741, 2019.01.10.)을 내렸다.

 

청구인이 쟁점토지를 자경하였다고 제시한 주요 증빙은 다음과 같다.

①1990.1.1. 최초로 작성된 농지원부를 보면 2012.12.6. 현재 청구인을 비롯한 가족(청구인 배우자 자녀)은 41필지 54,122.5㎡의 전 답 임야를 소유하고 있으면서 이들 농지 중 쟁점토지를 비롯한 32필지 49,663.5㎡를 자경하고 있는 것으로 나타나고 쟁점토지에서 채소를 재배하는 것으로 등재되어 있으며, 쟁점소재지 주민 12명이 청구인의 쟁점토지 자경사실을 확인한다는 내용의 경작사실확인서(작성일자: 2017.9.11.~2017.1.25. 일부 2017년 2월) 및 청구인이 2017년 6월 작성한 영농사실경위서가 제시되고 있다.

 

②청구인은 2016.11.21. 사잔법인 000협회의 회원으로 가입하였고 2015. 3.3. 000ㅅ;로부터 2015년도 보행관리기 공급사업 재상자로 선정되었으며, 2010.6.1.~2011.11.24.기간 동안 000시농업기술센터의 농기계은행으로부터 11차례 농기계를 임차한 것으로 나타난다.

 

③농민 입장에서 단일작물이 아닌 여러 작물을 재배하는 것이 오히려 합리적인 선택이고 종자는 직접 야채 씨를 채종하여 경작하였기 때문에 종자구매내역이 없는 것이며 쟁점토지에서 타인이 경작하고 있다는 사진자료는 확인결과 연접한 농지에서 농작업 중인 다른 농민으로 확인되었고, 공판장을 통하여 농작물을 출하한 내역이 있어야 농업소득이 발생하는 것이 아님에도 이를 통하여 출하한 금액이 적다고 하여 자경한 것으로 볼 수 없다는 것은 부당하다는 주장이다.         

 

 

 

 

 

 

 

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