(조세금융신문=고승주 기자) 면세대상인 민간투자사업이라도 2021년 면세사업 적용 시기 이전에 영세율 시기에는 매입세액을 공제할 수 있다는 행정심판이 나왔다.

조세심판원은 최근 국가에 기부채납한 민간투자사업자 A가 과세관청을 상대로 제기한 부가가치세 매입세액 경정청구(환급)에 대해 A의 요구대로 과세관청은 2016년 2기부터 2020년 2기까지 매입세액을 환급할 것을 결정했다(조심 2022서7076, 2024.3.11.).

심판원은 “부가가치세의 경우 과세기간이 끝나는 때 납세의무가 성립된다고 규정하고 있으며, 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다”라며 “청구법인이 심판청구한 건들은 개정법률 시행 전에 이미 종료된 과세기간에 재화 또는 용역의 제공이 이루어진 건으로 해당 과세기간의 매출세액에서 공제되어 신고·납부되었는바, 매입세액 공제대상이 아니라고 거부헌 처분은 규정 등에 어긋난다고 판단된다”라고 전했다.

A는 국가 광역철도망 사업에 참여한 민간투자사업체로 시설을 완공하면 소유권을 국가에 넘기는 대신 수십년간 운영수익을 보장받는 BTO방식으로 사업에 참여했다.

A가 시설을 완공해 기부채납한 시점은 2022년 5월 27일인데 사업이 진행되는 동안 부가가치세 영세율 사업이 면세 사업이 되면서 사단이 났다.

영세율 사업은 부가가치세 매입세액 공제를 받지만, 면세 사업은 공제를 받을 수 없다.

이렇게 된 원인은 부가가치세 과세 체계 때문이다.

부가가치세는 최종 소비자가 납부하되(매출세액), 최종 완성품을 만들기 위해 사들이는 원자재 등에 대해서는 부가가치세를 물리지 않는다.

다만, 사업자가 원자재를 사올 때부터 부가가치세를 내지 않고 사오는 게 아니라 일단 부가가치세를 내고 사오고, 나중에 부가가치세 신고 때 정산해서 원자재에 붙는 부가가치세를 공제해달라고 신고한다. 이걸 매입세액 공제라고 한다.

영세율은 세율이 말그대로 0%일뿐 부가가치세 과세 사업이라서 매입세액 공제가 가능하다.

하지만 면세사업은 말그대로 최종 부가가치세가 전면면제되기에 매입세액 공제는 허용하지 않는다.

보통 수출을 장려하는 데에는 영세율, 판매 장려‧산업보호 및 육성을 할 때는 면세를 쓰는데, 판매 장려에 꼭 면세만 쓰라는 법칙같은 건은 없지만, 애초에 조세특례라는 것 자체가 다소 주관적이라서 이런 차이가 발생한다.

A는 자신이 2022년 5월 최종소비자인 국가에 판 광역철도시설이 면세품인 건 맞지만. 만드는 중간에 법이 바뀌어서(2021년 1월 1일) 면세품이 된 것이고, 적어도 영세율이 적용되던 2020년 12월 31일까지는 철도시설을 만드는 데 들어간 자재 등에 대해 부가가치세 공제를 해주는 것이 맞지 않느냐고 주장했다.

국세청은 영세율 적용인지 면세 적용인지는 최종 완성품을 파는 시점에서 결정된다며 광역철도시설이 면세품이 된 2021년 1월 1일 이후인 2022년 5월 27일에 물건을 팔았으니 마땅히 면세품이 된 이후에 팔았으니 부가가치세 매입세액 공제를 해줄 수 없다고 반박했다.

심판원은 A의 손을 들어줬다.

2020년 12월 31일 이전에 해당 사업은 부가가치세 매입세액 공제가 가능한 영세율 사업이었고, 부가가치세 과세 의무는 매년 상‧하반기 등 정해진 시기에 성립되는데, 2021년 1월 1일, 면세사업으로 법이 바뀐 이후부터는 부가가치세 매입세액 공제를 받을 수 없다고 보았다.

다만, 법이 바뀌기 이전엔 영세율 사업이었는데 2021년도에 바뀐 법으로 2020년 12월 31일 이전 시기까지 매입세액 공제를 해주지 않겠다는 건 잘못됐다는 것.

또한, 비슷한 대법원 사례에서도 매입세액 공제를 허용한 판결이 있다고도 전했다(대법원 2018두54125. 2019.10.31.).

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