(조세금융신문=박청하 기자) 대법원이 '증권사가 전산시스템을 위탁 개발하기 위해 쓴 돈은 연구개발비 세액 공제 대상이 아니다'라는 판단을 내놨다.

대법원2부(주심 권영준 대법관)는 LS증권이 영등포세무서를 상대로 낸 법인세 경정청구 거부처분 취소 소송에서 원고 승소로 판결한 2심을 깨고 사건을 최근 서울고법으로 돌려보냈다.

LS증권은 2011년 8월부터 1년간 LG CNS에 차세대 전산시스템 개발을 위탁한 뒤 개발비 286억원을 지급했다.

2015년 1월 LS증권은 지급한 개발비 중 소프트웨어 개발비와 인건비 등 약 155억이 구 조세특례제한법(조특법)상 법인세 세액공제 적용 대상인 연구개발비에 해당한다며 영등포세무서에 환급을 구하는 경정청구를 했으나 거부되자 소송을 제기했다.

구 조특법은 '연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동'이라고 정하고 있는데, 해당 비용이 이에 해당하는지가 재판에서 다퉈졌다.

1심 법원은 LS증권이 위탁개발한 전산시스템이 '전사적 기업자원 관리설비 및 그와 유사한 시스템'에 해당해 연구개발비 세액공제 대상이 아니라고 판결했다.

2심은 1심 판결을 뒤집고 원고 승소 판결했다. 2심 재판부는 "이 사건 시스템의 위탁개발은 기술적 진전을 이루기 위한 활동으로서 연구개발에 해당한다"며 LS증권이 지급한 개발비 일부가 세액공제 적용 대상이라고 봤다.

하지만 대법원은 해당 전산 시스템 개발을 '과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동'으로 보기 어렵다고 봤다.

대법원은 "이 사건 전산 시스템은 기존 업무를 효율적으로 운영하고 더 나은 고객 서비스를 제공하기 위해 당시의 정보기술 등을 활용해 위탁개발한 것"이라며 "그 목표와 결과 등에 비춰 볼 때 과학적 또는 기술적 불확실성을 체계적으로 해소해 정보기술 등 과학기술 분야의 진전을 이루기 위한 활동으로 볼 수 없다"고 판시했다.

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