(조세금융신문=윤창인 회계사)

1. 국세청의 중복조사 금지

(1) 중복조사 금지

조사공무원은 세무조사를 실시하는 경우에는 국세기본법 제81조의4(세무조사권 남용 금지) 제2항 및 같은 법 시행령 제63조의2(세무조사를 다시 할 수 있는 경우)에서 정한 바에 따라 재조사를 실시할 수 있는 예외적인 경우를 제외하고는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 해서는 아니되며, 조사시작 후에도 중복조사 사실이 확인되는 경우에는 즉시 조사철회 및 조사반(팀) 철수 등 필요한 조치를 하여야 한다. 다만, 현장확인은 조사로 보지 아니하며, 국세기본법 제81조의4(세무조사권 남용 금지) 제2항 제2호의 경우에는 해당거래상대방과의 거래내용에 대한 부분조사로 한정한다(조사규12①).

 

(2) 조사대상자 선정명세를 전산에 입력관리 함

중복조사를 방지하기 위하여 지방국세청 및 세무서의 조사국·과장 또는 실납세지원국장·개인납세과장·법인납세과장 등은 조사이력 및 조사대상자 선정명세 등을 전산에 입력하여 관리하여야 한다(조사규12②).

 

(3) 부분조사 후 전부조사를 실시하는 경우의 중복조사 관계

부분조사를 실시한 납세자에 대하여 전부조사를 실시하는 경우 부분조사를 받은 부분에 대해서는 조사한 것으로 본다(조사규12③).

 

(4) 일반세무조사에 이어서 조세범칙조사를 실시하는 경우의 중복조사 관계

일반세무조사 대상자로 선정된 납세자에 대하여 조세범칙조사를 실시한 경우에는 해당 세목의 조사대상 기간에 대한 일반세무조사는 이미 실시한 것으로 본다(조사규12④).

 

2. 중복조사에 해당하는 경우 국세청의 과세처분은 취소사유가 됨

중복조사금지원칙은 납세자의 영업의 자유 및 프라이버시 침해 방지 및 자의적인 세무조사에 대한 사전적 통제를 통하여 납세자의 권리를 절차적인 측면에서 보장함을 목적으로 하고 있는 점에 비추어, 중복조사금지 원칙에 위배한 세무조사에 기초하여 이루어진 과세처분은 위법하다고 할 것이다(대법원2004두12070, 2006.6.2). 따라서 국세청이 중복조사금지 규정을 위반한 경우에는 과세처분의 취소사유가 된다.

 

3. 중복조사가 허용되는 경우

(1) 의의

국세기본법이 제81조의4(세무조사권 남용금지)에서 중복세무조사를 금지하는 규정을 둔 입법취지는 무분별한 세무조사로 인하여 발생하는 세무조사권의 남용을 견제하고 세무조사 기법의 선진화를 유도하는 한편, 납세자의 정신적·경제적 위축을 방지하고 안정감을 확보하여 납세자의 권리를 실질적으로 보호하려는 데에 있고, 다만 세무조사가 한 번 이루어지고 나면 어느 경우에도 중복하여 세무조사를 하는 것이 허용되지 않는다고 하면 조세공평에 반하는 결과가 초래될 수 있으므로 일정한 경우에는 예외적으로 중복세무조사가 허용되어야 할 것이다(대법 2007두16547, 2007.10.25.).

 

(2) 중복조사가 허용되는 사례

세무조사관은 다음의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다(국기법81의4②, 국기령63의2).

 

① 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

② 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우

③ 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우

④ 이의신청, 심사청구 등에 따른 필요한 처분의 결정 또는 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다)

⑤ 납세자가 세무조사관에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우

⑥ 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우

⑦ 그밖에 제①호부터 제⑥호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

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⑧ 부동산투기, 매점매석, 무자료거래 등 경제질서 교란 등을 통한 세금탈루 혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우

⑨ 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등을 하는 경우

⑩ 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우. 다만, 처음의 세무조사에서 해당 자료에 대하여 조세범칙조사심의위원회가 조세범칙조사의 실시에 관한 심의를 한 결과 조세범칙행위의 혐의가 없다고 의결한 경우에는 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료로 인정하지 아니한다.

 

4. 현장확인은 세무조사가 아니므로 중복조사가 허용

(1) 의의

재조사(중복조사) 금지규정 위반이 문제되는 “세무조사”라 함은 각 세법에 규정하는 질문조사권 또는 질문검사권 및 조세범처벌법, 조세범처벌절차법에 의하여 조사공무원이 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등을 상대로 질문하고, 장부·서류·물건 등을 검사·조사하는 행위로서 조사계획에 의해 실시하는 것을 의미하고, 세원관리, 단순과세자료 처리 또는 세무조사 증거자료 수집 등을 처리하기 위하여 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등을 상대로 현지확인 계획에 의하여 현지출장하여 사실관계를 확인하는 행위, 즉 “현장확인”은 여기서 제외된다(서울행법2010구합32532, 2011.5.26.).

 

(2) 현장확인을 세무조사와 구분하여 중복조사를 허용하고 있는 이유

과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성 검증 등을 위한 과세관청의 모든 조사행위가 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다고 볼 경우에는 과세관청으로서는 단순한 사실관계의 확인만으로 충분한 사안에서 언제나 정식의 세무조사에 착수할 수밖에 없고 납세자 등으로서도 불필요하게 정식의 세무조사에 응하여야 하므로, 납세자 등이 대답하거나 수인할 의무가 없고 납세자의 영업의 자유 등을 침해하거나 세무조사권이 남용될 염려가 없는 조사행위까지 재조사가 금지되는 “세무조사”에 해당한다고 볼 것은 아니다(서울고등법원 2016누62513, 2017.06.28.).

 

(3) 국세청 종합감사과정에서 세금추징이 발생한 경우의 중복조사 해당여부

국세청장은 2014.4.7.부터 2014.4.24.까지 서울청 종합감사를 실시하여 이 사건 토지에 대하여 실제 공사한 사실이 확인되지 아니하는 토목공사비와 금융기관으로부터 차입한 금액에 대한 지급이자를 필요경비로 인정한 것은 잘못이라고 지적하였고, 피고(국세청)는 이에 따라 양도소득세(가산세 포함)를 경정·고지한 처분에서, 종합감사의 일환으로 이루어진 현장확인은 납세의무자 또는 관계인에 대하여 하는 질문조사권을 행사하는 세무조사와는 구별되므로 중복조사에 해당하지 않음(서울행정법원-2015-구합-70737, 2016.08.11.).

 

(4) 쟁점 현장확인이 세무조사에 해당하므로 중복조사에 해당한다는 주장

쟁점현장확인 계획이 자체탈세자료(법원 형사판결문)의 사실관계 확인(횡령금 회수 여부) 등 단순한 과세자료처리 목적에서 수립된 것으로 보이는 점, 현장확인 담당자가 현지에 출장·방문하거나 법인 임직원 등을 면담한 사실이 없는 점 등에서 쟁점현장확인을 중복조사금지의 전제가 되는 세무조사로 보기는 어려움(조심2017서-2193, 2017.09.14).

 

5. 현장확인이 세무조사 형태로 운용될 경우 중복조사로서 금지됨.

(1) 현장확인이 세무조사 형태로 운용될 경우는 세무조사에 해당됨

현장을 방문하여 조사대상자의 거래상대방에게 진술서와 관련장부를 징취한 것은 국기법 제81조의2 제2항 제1호의 세무조사 정의에 포섭되고, 조사사무처리규정에 현장확인이 규정되어 있으나 이는 행정규칙에 불과하며 명칭과 형식이 어떠하든 국기법이 규정하는 세무조사의 개념에 해당되는 이상 세무조사라 보아야 함(서울행정법원2015구단56383, 2016.05.20.).

 

(2) 현장확인 과정에서 질문조사권을 행사했다면 세무조사에 해당함

세무조사관의 조사행위가 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당하는지 여부는 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단할 수밖에 없을 것인데, 세무조사관의 조사행위가 사업장의 현황 확인, 기장 여부의 단순 확인, 특정한 매출사실의 확인, 행정민원서류의 발급을 통한 확인, 납세자 등이 자발적으로 제출한 자료의 수령 등과 같이 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것이어서 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에는 원칙적으로 ‘세무조사’로 보기 어렵지만 그 조사행위가 실질 적으로 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로서 납세자 등의 사무실·사업장·공장 또는 주소지 등에서 납세자 등을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부·서류·물건 등을 검사·조사하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 ‘세무조사’로 보아야 할 것이다(대법원 2017.3.16.선고, 2014두8360).

 

 

[프로필] 윤 창 인

• 현) 회계법인 창해 회계사

• 현) 국세청 국세공무원교육원 외부교수
• 전) 우정세무회계 대표 공인회계사

• 전) 국세청 역외탈세 추적전담센터 TF, 서울청4국 외 근무 • 전) 안진회계법인 세무자문본부 TC팀

• 저) 국세청 사후검증과 세목별 세무실무(P1461)

• 세무조사실무와 업종별 조사사례(P1470)

- 대한변호사회 세무조사 강의

- 한국공인회계사회 세무조사 강의

 

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