국세기본법 제81조의4(세무조사권 남용금지)에서 중복 세무조사를 금지하는 규정을 둔 입법취지는 무분별한 세무조사로 인하여 발생하는 세무조사권의 남용을 견제하고 세무조사 기법의 선진화를 유도하는 한편, 납세자의 정신적 · 경제적 위축을 방지하고 안정감을 확보하여 납세자의 권리를 실질적으로 보호하려는데 있다(대법원 2007두16547, 2007.10.25.).

그리고 세무조사결정이 있는 경우 납세의무자는 세무공무원의 과세자료 수집을 위한 질문에 대답하고 검사를 수인하여야 할 법적 의무를 부담하게 되고, 세무조사는 기본적으로 적정하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위안에서 행하여져야 하고, 더욱이 동일한 세목 및 과세기간에 대한 재조사는 납세자의 영업의 자유 등 권익을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 과세관청에 의한 자의적인 세무조사의 위험마저 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지될 필요가 있다(대법원2010.12.23. 선고 2008두10461).

중복조사금지를 위반한 과세처분은 취소사유가 됨

중복조사금지원칙은 납세자의 영업의 자유 및 프라이버시 침해 방지 및 자의적인 세무조사에 대한 사전적 통제를 통하여 납세자의 권리를 절차적인 측면에서 보장함을 목적으로 하고 있는 점에 비추어, 중복조사금지 원칙에 위배한 세무조사에 기초하여 이루어진 과세처분은 위법하다고 할 것이다(대법원2004두12070, 2006.6.2.선고). 따라서 과세관청이 중복조사금지 규정을 위반하여 과세한 경우에는 취소사유가 된다.

현장확인업무와 중복조사와의 관계

조사사무처리규정 제3조(정의) 제2호에서 ‘현장확인’은 다음과 같이 정의를 내리고 있다. ‘현장확인’이란 각 세법에 규정하는 질문조사권 또는 질문검사권에 따라 세원관리, 과세자료 처리 또는 세무조사 증거자료 수집 등 다음의 어느 하나에서 예시하는 업무 등을 처리하기 위하여 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등을 상대로 세무조사에 의하지 아니하고 현장확인 계획에 따라 현장출장하여 사실관계를 확인하는 행위를 말한다.

① 자료상혐의자료, 위장가공자료, 조세범칙조사 파생자료로서 단순사실 확인만으로 처리할 수 있는 업무

② 위장가맹점 확인 및 신용카드 고액매출자료 등 변칙거래 혐의 자료의 처리를 위한 현장출장·확인업무

③ 세무조사 과정에서 납세자의 거래처 또는 거래상대방에 대한 거래사실 등 사실관계 여부 확인업무

④ 민원처리 등을 위한 현장출장·확인이나 탈세제보자료, 과세자료 등의 처리를 위한 일회성 확인업무

⑤ 사업자에 대한 사업장현황 확인이나 기장확인 업무

⑥ 거래사실 확인 등을 위한 계좌 등 금융거래 확인업무

그리고 조사사무처리규정 제12조 제1항 단서를 보면 ‘현장확인은 세무조사로 보지 아니한다’라고 규정하고 있어 현장확인은 세무조사가 아닌 별도의 행정행위로 보고 있다. 따라서 같은 과세기간에 같은 세목에 대해서 현장확인을 여러 번 실시한다 하더라고 세무조사가 아니므로 중복조사금지 규정에 위배되지 않음을 알 수 있다.

서울행정법원2010구합32532, 2011.5.26.

세원관리, 단순 과세자료 처리 또는 세무조사 증거자료 수집등을 처리하기 위하여 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등을 상대로 현지확인 계획에 의하여 현장출장하여 사실관계를 확인하는 행위인 ‘현지확인’과 ‘기장확인’은 재조사 금지규정이 적용되는 세무조사에 해당되지 않는다.

국세청의 중복조사 방지를 위한 관리

조사사무처리규정 제12조(중복조사의 금지 및 방지) 제1항을 보면, ‘중복조사를 방지하기 위하여 지방국세청 및 세무서의 조사국 · 과장 또는 성실납세지원국장 · 개인납세과장 · 법인납세과장 등은 조사이력 및 조사대상자 선정명세 등을 전산에 입력하여 관리하여야 한다’고 규정하고 있다.

중복조사에 해당하는 경우의 국세청의 조치

조사사무처리규정 제12조(중복조사의 금지 및 방지) 제2항을 보면, ‘조사공무원은 세무조사를 실시하는 경우에는 국세기본법 제81조의4(세무조사권남용 금지) 제2항 및 같은법 시행령 제63조의2(세무조사를 다시 할 수 있는 경우)에서 정한 바에 따라 재조사를 실시할 수 있는 예외적인 경우를 제외하고는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 해서는 아니되며, 조사시작 후에도 중복조사 사실이 확인되는 경우에는 즉시 조사철회 및 조사반(팀) 철수 등 필요한 조치를 하여야 한다.

다만, 현장확인은 조사로 보지 아니하며, 국세기본법 제81조의4 제2항 제2호의 경우에는 해당 거래상대방과의 거래내용에 대한 부분조사로 한정한다’고 규정하고 있다.

국세청이 중복조사를 할 수 있는 경우

세무조사가 한번 이루어지고 나면 어느 경우에도 중복하여 세무조사를 하는 것이 허용되지 않는다고 하면 조세공평에 반하는 결과가 초래될 수 있으므로 일정한 경우에는 예외적으로 중복세무조사가 허용되어야 할 것이다(대법원2007두16547, 2007.10.25.).

세무공무원은 다음의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다(국기법81의4②, 국기령63의2).

① 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

② 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우

③ 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우

④ 이의신청, 심사청구 등에 따른 필요한 처분의 결정에 따라 조사를 하는 경우

⑤ 부동산투기, 매점매석, 무자료 거래 등 경제질서 교란 등을 통한 탈세혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우

⑥ 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등을 하는 경우

⑦ 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우.

다만, 처음의 세무조사에서 해당 자료에 대하여 조세범칙조사심의위원회가 조세범칙조사의 실시에 관한 심의를 한 결과 조세범칙행위의 혐의가 없다고 의결한 경우에는 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료로 인정하지 아니한다.

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