(조세금융신문=류성현 변호사) 

1. 사실관계

원고는 수배전반 및 자제어반 제조업을 영위하는 법인으로서 2018. 11. 30. 대표이사 A로부터 특허권을 양수하고 그 대가로 13억 원을 지급했다. 원고는 이 양도대금을 무형자산(특허권)의 취득가액으로 회계 처리하고 감가상각비 3천만 원을 손금에 산입하는 한편, A에게 지급한 양도대금을 기타소득으로 보아 7,800만 원을 원천징수하여 신고·납부했다.

그러나 과세관청은 종합감사를 통해 해당 양도대금이 발명진흥법상 '직무발명보상금'에 해당한다고 판단했다. 이에 따라 원고가 손금으로 처리한 감가상각비를 부인하고, 양도대금을 A의 근로소득으로 보아 원고에게 근로소득세 원천징수분 4억 9천만 원(이하 '이 사건 처분')을 경정·고지했다. 원고는 이의신청과 심사청구를 제기했으나 모두 기각되자 이 사건 소송을 제기했다. 원고는 구제받을 수 있을까

2. 원고의 주장

원고는 “발명진흥법 제2조 제2호가 정하는 직무발명이 되려면 '발명을 하게 된 행위가 종업원의 현재 또는 과거의 직무에 속해야 한다'는 요건을 충족해야 하는 것인데, 대표이사 A의 주된 직무는 경영 총괄이며 연구개발은 그의 직무에 포함되지 않으므로, 이 사건 발명은 직무발명의 성립 요건을 충족하지 못한다. 따라서 이 사건 양도대금을 직무발명보상금으로 보고 근로소득세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다” 고 주장했다.

3. 법원의 판단

법원은 이 사건 발명이 대표이사 A의 직무에 속하는 '직무발명'에 해당한다고 판단하여 원고의 청구를 기각했습니다. 법원의 판단 근거는 다음과 같다.

첫째, 대표이사 A는 관련 분야의 석사 학위를 취득하고 연구원으로 근무한 경력이 있으며, 원고 회사에 입사한 이후부터 대표이사로 취임한 후까지 실질적으로 연구개발 업무를 계속 담당해왔다. 원고 회사에는 별도의 연구개발 부서나 담당자가 없어 A가 그 역할을 수행하는 것이 당연히 기대되는 상황이었다.

둘째, 지진 발생 이후 수배전반에 내진설계가 요구되는 등 시장 환경이 변화하자, 원고의 제반 업무를 총괄하고 연구를 담당하던 A는 입찰 경쟁력을 확보하기 위해 직무상 얻은 정보를 바탕으로 이 사건 발명에 착수했는데 이는 발명이 회사의 사업과 직접적인 관련이 있음을 보여준다.

셋째 발명 과정에서 필수적인 진동대 실험은 원고의 공장 건물에서 원고 소속 직원과 함께 수행되었으며, 회사의 물적·인적 자원이 활용되었다. A가 개인적으로 비용을 부담한 정황은 확인되지 않았다.

넷째, 회사에 연구개발 담당 조직이나 인력이 없는 상황에서, 연구노트에도 A가 단독 참여인력으로 기재된 점 등을 고려할 때, A의 직무가 대표이사로서 경영에만 한정된다고 볼 수 없을 뿐만 아니라 A의 직무범위에서 연구개발 업무가 제외되었다고 볼 수 없다.

4. 해설

이 사건에서 원고 법인이 대표이사 A로부터 특허권을 양수하여 무형자산으로 회계처리하고 A에게 그 대금을 지급하면서 기타소득으로 처리한 이유는 법인 측면에서는 감가상각비를 손금으로 인정받아 법인세를 절감할 수 있고, 대표이사 측면에서는 60%의 필요경비 공제가 허용되는 기타소득으로 처리함으로써 소득세를 납부하는 이중의 절세 효과를 누릴 수 있기 때문이다.

즉, 무형자산의 취득가액은 내용연수 동안 감가상각을 통해 비용으로 처리할 수 있으며 이 감가상각비는 법인의 각 사업연도 소득금액 계산 시 손금(비용)으로 인정되어 손금 인정액만큼 법인의 과세표준이 감소하므로, 결과적으로 법인세 부담이 줄어드는 효과가 있다.

대표이사의 경우 기타소득으로 처리함으로써 총수입금액에서 60%의 필요경비를 공제한 '기타소득금액'에 대해서만 과세된다. 즉, 소득의 40%에 대해서만 세금이 부과되므로 통상 총급여액 전체가 과세 대상이 되는 근로소득에 비해 개인의 세 부담을 현저히 낮추는 효과가 있다.

그러나 피고 과세관청은 위 대가를 직무발명보상금으로서 '근로소득'으로 재분류하였다. 이렇게 되면 법인의 감가상각비 손금 산입을 부인하여 법인세를 증액시키는 동시에, 대표이사에게는 합산과세 및 누진세율을 적용하여 소득세를 더 많이 징수할 수 있게 된다.

결국 A의 발명이 직무발명에 해당되는지 여부가 문제된다. 발명진흥법상 직무발명은 '그 발명을 하게 된 행위가 종업원 등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명'이어야 한다.

여기서 ‘발명을 하게 된 행위가 종업원 등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명’이란 종업원 등이 담당하는 직무내용과 책임범위로 보아 발명을 꾀하고 이를 수행하는 것이 당연히 예정되거나 또는 기대되는 경우를 말한다(대법원 1991. 12. 27. 선고 91후1113 판결 참조).

이 사건에서 법원은 연구개발 전담부서가 없는 중소기업 등에서는 대표이사가 핵심 기술의 연구개발을 직접 수행하는 경우가 많다는 현실을 반영하면서, A의 과거 경력, 발명의 동기가 된 회사의 사업적 필요성, 발명 과정에서의 회사 자원 활용 여부 등을 종합적으로 살펴 '실질적인 직무'의 범위를 판단했다.

원고는 대표이사의 직무가 경영, 회계, 인사 등 관리에 한정된다고 주장했으나, 법원은 이를 받아들이지 않았다. 대표이사는 회사의 업무 전반을 총괄할 책임과 권한이 있으므로, 회사의 존속과 성장에 필수적인 연구개발 업무가 대표이사의 직무에서 당연히 배제된다고 볼 수는 없으며 오히려 회사의 상황에 따라 연구개발은 대표이사의 가장 중요한 직무 중 하나가 될 수 있다.

결론적으로, 이 판결은 발명자의 직위나 직책명보다는 발명자의 실질적인 역할과 직무 내용, 발명이 회사의 영업이나 업무 범위와 갖는 관련성, 발명 과정에서 회사 자원의 이용 여부 등을 종합적으로 고려하여 직무발명 해당 여부를 판단해야 한다는 실질적인 기준을 재확인한 것이다

<대법원 2025. 7. 16. 선고 2025두33496 판결 참조>

[프로필] 류성현 법무법인(유) 화우 변호사
*미국 Duke University School of Law (LL.M.)

*서울대학교 법학대학원 (석사 수료)

*사법연수원 제33기 *서울대학교 법학과 *제43회 사법시험 합격

*류성현 변호사는 법무법인(유) 화우의 파트너변호사로 주요 업무는 조세 전문분야다. 류 변호사는 국세청 사무관으로 근무하며 쌓은 폭넓은 지식과 실무 경험을 바탕으로 조세자문, 조세쟁송, 국제조세 분야에서 전문성을 발휘하고 있다. 특히 과세전적부심사, 이의신청, 심사, 심판, 소송 등 다양한 조세불복 절차를 처리한 풍부한 경험을 통해 현재 고객들에게 탁월한 법률 서비스를 제공하고 있다.

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