(조세금융신문=김용주 변호사) 1. 사안의 개요

원고는 2005년 10월경 서울 강남구 소재 대지(이하, 이 사건 토지)와 그 지상 근린생활시설건물을 취득하여 그 무렵부터 임대사업을 하였다. 그러던 중 원고는 2010년 3월경 위 건물을 철거하고 그로부터 2년 이내인 2011년 11월경 모델하우스(이하, 이 사건 건물)를 신축하였다가 2012년 11월경 철거하였다.

원고는 2014년 12월경 이 사건 토지를 양도하고, 2015년 2월경 이 사건 토지가 비사업용 토지임을 전제로 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하지 아니한 채 양도소득세를 신고·납부하였다. 그 후 원고는 2016년 6월경 성동세무서장에게 이 사건 토지는 2012년 11월경부터 6개월이 경과하기 전 날인 2013년 5월경까지(이하, 이 사건 기간) 재산세 별도합산과세대상이 되는 토지로서 이 사건 기간 동안 장기보유특별공제 적용 배제 대상인 비사업용 토지에 해당하지 않는다는 이유로 양도소득세 과세표준 및 세액에 대한 경정청구를 하였다.

그러나 성동세무서장은 이 사건 토지의 경우 이 사건 기간 동안 비사업용 토지로 보는 기간에서 제외된다고 볼 수 없다며 원고의 경정청구에 대해 거부하였다(이하, 이사건 처분).

2. 대법원의 판단

구 소득세법(2015. 12. 15. 법률 제13558호로 개정되기 전의 것)에서 양도소득금액 산정과 관련하여 재산세 별도합산과세대상이 되는 ‘농지, 임야 및 목장용지 외의 토지’의 소유기간 동안을 비사업용 토지로 이용된 기간으로 보지 않는 취지 등을 종합하면, 건축물의 부속토지 중 구 지방세법 시행령 제101조 제1항 제2호에 정한 면적의 토지는 그 건축물이 사실상 멸실된 날부터 6개월 동안 재산세 별도합산과세대상이 되는 ‘농지, 임야 및 목장용지 외의 토지’로서 그 기간을 비사업용 토지로 보는 기간에서 제외하여 구 소득세법시행령 제168조의6 각 호의 기간 요건을 모두 충족하였는지 여부에 따라 장기보유특별공제 적용 배제 대상인 구 소득세법 제104조의3 제1항이 정한 비사업용 토지인지 여부를 판정하여야 한다고 봄이 타당하다(대법원 2019. 8. 30. 선고 2018두57940 판결 참조).

3. 해설 및 평가

소득세법 제95조 제2항은 2015년 12월 15일 법률 제13558호로 개정되기 전까지 미등기양도자산 및 비사업용 토지를 장기보유특별공제대상에서 배제하고 있었다. 즉 위 개정 전 소득세법은 장기보유특별공제 적용 배제 대상인 ‘비사업용토지’에 관하여 ① 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간, ② 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간 및 ③ 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간의 모두에 해당하는 기간 동안 ‘농지, 임야 및 목장용지 외의 토지’에 해당하는 토지는 원칙적으로 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제 적용 대상에서 배제하도록 하면서도, 지방세법에 따라 재산세 별도 합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지에 해당하는 기간은 비사업용 토지로 보는 기간에서 제외하도록 규정하고 있었다.

한편, 구 지방세법 제106조 제1항 제2호 (가)목 및 그 위임을 받은 구 지방세법 시행령 제101조 제1항 제2호, 제103조 제1항 제1호는 재산세 별도합산과세대상 토지의 하나로 ‘과세기준일 현재 건축물이 사실상 멸실된 날부터 6개월이 지나지 아니한 건축물의 부속토지 중 건축물의 바닥면적에 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적 범위의 토지’를 들고 있고, 여기서 건축물이란 ‘토지에 정착하는 공작물 중 지붕과 기둥 또는 벽이 있는 건축물이나 이와 유사한 형태의 건축물’ 등을 말한다고 규정하고 있었다.

그런데 위와 같은 명문의 규정에도 불구하고, 하급심법원은 “구 지방세법 시행령 제103조 제1항 제1호는 나대지는 원칙적으로 재산세 종합합산과세대상에 해당하나 예외적으로 건축물이 멸실되지 않았다면 새로운 건축물의 축조를 개시할 만한 충분한 시간적 여유가 없음을 감안하여 과세기준일 현재 여전히 건축물이 존재하는 것으로 보고 멸실된 건축물의 바닥면적에 상응하는 일정 범위의 토지를 재산세 별도합산과세대상으로 보겠다는 취지를 규정한 조항에 불과할 뿐 나대지를 건축물이 멸실된 지 6개월 동안은 별도합산과세대상으로 보겠다는 취지가 아니다”라고 하면서, 이 사건 기간은 비사업용 토지로 보는 기간에서 제외할 수 없다고 판단하였다.

그러나 대법원은 위 구 소득세법령 및 구 지방세법령 규정에 의하면, 이 사건 토지 중 구 지방세법 시행령 제101조 제2항에서 정한 면적의 토지는 이 사건 기간 동안 재산세 별도합산과세 대상이 되는 ‘농지, 임야 및 목장용지 외의 토지’로서 그 기간을 비사업용 토지로 보는 기간에서 제외하여야 하고, 장기보유특별공제 적용 배제 대상인 구 소득세법 제104조의3 제1항이 정한 비사업용 토지인지 여부는 위 ①,②,③ 요건을 모두 충족하는지 여부에 따라 판정하여야 한다며 원심판결을 파기하였다.

구 소득세법령 및 구 지방세법령의 명문규정을 고려할 때, 위와 같은 대법원의 판단은 타당해 보인다. 그러나 이 사건의 경우 위 사실관계를 고려하면 이 사건 기간을 제외한다고 하더라도 ①,②,③ 요건 모두가 충족되어 여전히 장기보유특별공제 적용이 배제될 가능성이 높아 보인다. 다만, 이 사건 토지상에 건축물이 멸실되어 있던 기간 전부를 파기환송심에서 적절히 주장해 본다면, 위 ①,②,③ 중 충족하지 못하는 요건이 있을 것으로는 보인다.

[프로필] 김용주 법무법인 (유한) 서울센트럴 변호사
• 사단법인 한국프로스포츠협회 감사 • 대한배구협회 스포츠공정위원

• 법률신문 판례해설위원
• 전) 서울특별시 성동구·마포구 법률고문변호사
• 고려대학교 대학원 석사과정 수료(행정법전공)
• The University of British Columbia, School of Law(Visiting Scholar in Taxation

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