(조세금융신문=김용주 변호사) 1. 사안의 개요

대구지방국세청장은 A에 대한 2005 내지 2009 각 사업연도 귀속분 법인세 등에 대한 정기세무조사를 실시한 후, 2010년 11월 30일 A에 대하여 위 각 사업연도 귀속분 법인세 과세예고통지를 하였다. A는 2010년 12월 29일 국세청장에게 과세전적부심사를 청구하였고, 포항세무서장은 과세전적부심사에 대한 심리가 계속 중이던 2011년 3월 22일 부과제척기간이 임박하였다는 이유로 A에 대하여 2005 사업연도 귀속분법인세 약 200억원을 부과·고지하였다(2005년 법인세 부과처분).

이후 국세청장이 2012. 2.경 과세전적부심사에 대하여 일부 항목을 채택하고 나머지 항목은 불채택하는 결정을 하자, 포항세무서장은 위 결정의 취지에 따라 이미 부과된 2005년 법인세 중 약 58억원을 직권으로 취소하여 A에게 환급하는 한편, 2012. 3.경 A에 대하여 2006 사업연도 귀속분 법인세 부과처분(2006년 법인세 부과처분)등을 하였다.

2. 대법원의 판단(2020. 4. 9. 선고 2018두57490 법인세부과취소 사건)

가. 2005년 법인세 부과처분 관련 판단

구 국세기본법 시행령 제63조의14 제4항 단서에서 과세전적부심사의 청구에 대한 결정을 하기 전이라도 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정한 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호에서 말하는 ‘국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 미만인 경우’인지의 판단 기준일은 ‘세무조사 결과 통지 및 과세예고 통지를 하는 날’일 뿐 ‘과세처분일’이라고 볼 수 없다.

A가 포항세무서장으로부터 2005 사업연도 법인세에 관한 세무조사 결과 통지 및 과세예고 통지를 받은 2010년 11월 30일부터 위 과세처분의 부과제척기간 만료일인 2011년 3월 31일까지의 기간이 3월을 초과함은 역수상 분명하므로, 이 사건 과세전적부심사의 청구에 대한 결정을 하기도 전에 A에 대하여 2005년 법인세 약 200억원의 부과처분을 한 것은, 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로써 그 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효에 해당한다.

나. 2006년 법인세 부과처분 관련 판단

A가 2006년경 특수관계자인 B 등 3개 건설업체 및 비특수관계자인 C 등 13개 건설업체 사이에 체결한 각 시설공사도급계약(이 사건 각 공사도급계약)과 관련하여, 이 사건 각 공사도급계약에서 정한 당초 준공기한은 2006년 9월 30일부터 2007년 12월 30일까지 걸쳐 있으므로, 2007년 1월 1일부터 발생한 지체상금 채무의 면제나 채권의 임의포기로 인한 익금 등의 귀속시기는 2006 사업연도가 아니라 2007 사업연도라 할 것이다. 따라서 A가 지체상금을 면제해 준 개별공사별로 당초 약정준공일과 지체상금이 발생한 시점을 따져 본 다음, 위 각 처분의 위법 여부를 판단하였어야 할 것이다.

3. 검토 및 평가

가. 2005년 법인세 부과처분 관련 판단

구 국세기본법 제81조의15는 제1항 본문 및 제2호에서 “과세예고 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사를 청구할 수 있다”라고 규정하고 있고, 제3항에서 “과세전적부심사 청구를 받은 세무서장, 지방국세청장 또는 국세청장은 각각 국세심사위원회의 심사를 거쳐 결정을 하고 그 결과를 청구를 받은 날부터 30일 이내에 청구인에게 통지하여야 한다”라고 규정하고 있으며, 제8항의 위임에 따른 구 국세기본법 시행령 제63조의14 제4항 본문은 “과세전적부심사 청구를 받은 세무서장, 지방국세청장 또는 국세청장은 그 청구부분에 대한 결정이 있을 때까지 과세표준 및 세액의 결정이나 경정결정을 유보하여야 한다”라고 규정하고 있다.

헌법 제12조 제1항에서 규정하고 있는 적법절차의 원칙은 형사소송절차에 국한되지 않고 세무공무원이 과세권을 행사하는 경우에도 마찬가지로 준수하여야 한다(대법원 2016. 4. 15. 선고 2015두52326 판결 등 참조). 과세전적부심사제도는 과세권자의 부당한 과세권행사를 사전에 제한함으로써 납세자의 권리를 구제하고자 하는 사전구제절차이므로 심사청구 및 심사과정에서의 절차 역시 준수되어야 할 것입니다.

따라서 구 국세기본법 및 구 국세기본법 시행령이 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있거나 과세전적부심사에 대한 결정이 있기 전이라도 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 과세예고 통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기도 전에 과세처분을 하는 것은 원칙적으로 과세전적부심사 이후에 이루어져야 하는 과세처분을 그보다 앞서 함으로써 과세전적부심사 제도 자체를 형해화 시킬 뿐만 아니라 과세전적부심사 결정과 과세처분 사이의 관계 및 그 불복절차를 불분명하게 할 우려가 있으므로, 그와 같은 과세처분은 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 그 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효라고 할 것이다(대법원 2016. 12. 27. 선고 2016두49228 판결 참조).

위 사안의 경우 부과제척기간에도 불구하고 A의 과세전적부심사청구에 대한 결정이 2012년 2월경에야 내려진 이유를 이해하기 어려우나, 위 명문의 규정상 2005 사업연도 귀속분 법인세 약 200억원의 부과처분은 무효임을 면할 수 없다하겠다.

나. 2006년 법인세 부과처분 관련 판단

공사도급계약상 지체상금에 관한 약정은 수급인이 그와 같은 일의 완성을 지체한 데 대한 손해배상액의 예정으로서(대법원 2002. 9. 4. 선고 2001다1386 판결), 지체상금은 특별한 사정이 없는 한 약정준공일 다음날부터 발생한다(대법원 1999. 3. 26. 선고 96다23306 판결)고 할 수 있다.

법인세법 제40조 제1항은 “내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다”라고 규정하여 손익이 권리의무의 확정시에 실현되는 것으로 보는 권리의무확정주의를 채택하고 있으므로 개별공사별로 당초 약정준공일과 지체상금이 발생한 시점을 따져 귀속년도를 확인하라는 판단은 타당한 결론이라 할 것이다.

[프로필] 김용주 법무법인 (유한) 서울센트럴 변호사
• 사단법인 한국프로스포츠협회 감사 • 대한배구협회 스포츠공정위원

• 법률신문 판례해설위원
• 전) 서울특별시 성동구·마포구 법률고문변호사
• 고려대학교 대학원 석사과정 수료(행정법전공)
• The University of British Columbia, School of Law(Visiting Scholar in Taxation

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