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[예규·판례] 후불임대료의 법인세 및 부가가치세 과세표준 산정방법

 

(조세금융신문=김용주 변호사) 1. 사안의 개요

 

원고는 주식회사 칼호텔네트워크 외 6개 법인(이 사건 임차인들)과 실시협약을 체결하였는데, 그 내용은 이 사건 임차인들이 인천국제공항 국제업무지역 내 원고 소유의 토지(이 사건 토지)에 각각 건축물을 신축하여 일정한 기간 동안 사용하면서 매년 토지사용료를 지급하고 토지사용기간 만료 후에는 원고에게 해당 건축물의 소유권을 무상으로 이전하기로 한 것이다.

 

이에 따라 이 사건 임차인들은 이 사건 토지에 각 건축물(이 사건 각 건축물)을 신축하여 사용하면서 원고에게 토지사용료를 지급하였다. 원고는 이 사건 각 건축물의 신축가액을 토지사용기간으로 안분한 금액을 법인세의 익금에 산입하고 부가가치세의 공급가액으로 보아 2008 사업연도부터 2012 사업연도까지의 각 법인세와 2008년 제2기분과 2009년 제1기분 각 부가가치세를 신고,납부하였다.

 

이후 원고는 피고에게 이 사건 각 건축물의 신축가액 대신 ‘감정을 통하여 평가한 이 사건 각 건축물의 토지사용기간 만료 시 가액’을 토지사용기간으로 안분한 금액을 기초로 위 각 법인세와 부가가치세의 세액을 산정해야 한다는 이유로 그 일부의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

 

피고는 2013년 9월 6일 원고의 방식을 받아들여 이 사건 각 건축물의 토지사용기간 만료 시 가액을 토지사용기간으로 안분한 금액을 기초로 하되, 다만 그 금액에 원고가 금전으로 지급받은 토지사용료를 합산하는 방법으로 각 과세기간별 임대료를 계산하여 위 각 법인세와 부가가치세를 다시 산정한 다음, 원고가 신고·납부한 세액 중 이를 초과하는 부분을 감액하는 결정을 하였다.

 

2. 관련 법령

 

가. 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제40조 제2항의 위임에 따른 구 법인세법 시행령(2014. 2. 21. 대통령령 제25194호로 개정되기 전의 것) 제71조 제1항은 ‘자산의 임대로 인한 익금과 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다.

 

다만, 임대료 지급기간이 1년을 초과하는 경우에는 이미 경과한 기간에 대응하는 임대료 상당액과 비용은 이를 각각 당해 사업연도의 익금과 손금으로 한다’고 정하면서, 제1호에서 “계약 등에 의하여 임대료의 지급일이 정하여진 경우에는 그 지급일”이라고 정하고 있다.

 

그리고 구 법인세법 제41조 제1항 제3호의 위임에 따른 구 법인세법 시행령 제72조 제2항은 제1호~제5호에서 매입자산, 자가 제조·생산·건설 자산, 현물출자·합병 또는 분할에 의하여 취득한 자산과 주식 등의 취득가액을 정한 다음, 제6호에서 그 밖의 방법으로 취득한 자산의 취득가액은 취득 당시의 시가로 한다고 정하고 있다(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 법인세법 시행령 제72조 제1항 제5호와 2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 법인세법 시행령 제72조 제1항 제6호 등도 같은 취지이다).

 

 

나. 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제13조 제1항 본문은 “재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액의 합계액으로 한다”라고 정하면서, 제1호에서 “금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가”를, 제2호에서 “금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가”를 정하고 있다.

 

3. 대법원 2022. 1. 27. 2018두39027 판결

 

가. 임대료로 토지사용기간 만료 시에 건축물의 소유권을 이전받기로 하는 경우에는 해당 시점에서 건축물의 시가가 곧 후불로 받기로 한 임대료에 해당한다고 보아야 하고, 그 임대료 지급기간이 1년을 초과하므로 ‘이미 경과한 기간에 대응하는 임대료 상당액’으로서 각 사업연도의 익금에 산입할 금액은 토지사용기간 만료 시 건축물의 시가를 전체 토지사용기간 중 해당 사업연도에 속하는 기간의 비율로 안분한 금액이라고 보는 것이 타당하다.

 

나. 사업자가 임대용역을 공급하고 임대료를 일부는 금전으로 나머지는 금전 이외의 것으로 받은 경우 그 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 임대료로 받은 금전에 임대용역 중 금전 이외의 것과 대가관계가 있는 부분의 시가를 더한 금액이라고 보아야 한다.

 

4. 검토 및 평가

 

가. 법인세 과세표준 산정방법(중간이자 공제 여부)

 

구 법인세법 시행령 제71조 제1항 후단과 같이 임대료 지급기간이 1년을 초과하는 경우 이미 경과한 기간에 대응하는 임대료 상당액과 비용을 각각 당해 사업연도의 익금과 손금으로 하도록 하는 것은 각 사업연도에 손비만 계상되고 수익이 계상되지 않아 과세가 이연되는 문제점을 해결하여 과세기간별 손익의 적정화를 도모하기 위함이라고 할 수 있다(대법원 2011. 10. 13. 선고 2008두21713 판결 참조).

 

그리고 위 조항과 구 법인세법 시행령 제72조에 따르면 이 사건과 같이 임대료로 토지사용기간 만료 시에 건축물의 소유권을 이전받기로 하는 경우에는 해당 시점에서 건축물의 시가가 곧 후불로 받기로 한 임대료에 해당한다고 볼 수 있을 것이다. 따라서 관련 법령에 따라 토지사용기간 만료 시 이 사건 각 건축물의 시가 중 그 사업연도에 대응하는 부분은 익금에 산입하여야 할 것이다.

 

그런데 원고가 토지사용기간 내의 각 사업연도에 임대료의 일부로 받은 것으로 볼 수 있는 금액은 ‘토지사용기간 만료 시 이 사건 각 건축물의 시가를 상당한 이율에 의한 중간이자 공제를 통하여 해당 사업연도의 현재가치로 할인한 금액’이라고 보아야 하는 것일까?

 

원심인 서울고등법원은 원고가 실제로 이 사건 각 건축물의 소유권을 취득하여 후불지급에 해당하는 토지 임대료를 취득하는 시점은 토지사용기간이 만료된 때이고, 토지사용기간 만료 시의 이 사건 각 건축물의 시가(감정평가액)는 그 만료시점의 명목가액이므로, 2008 내지 2012 사업연도 각 법인세의 과세표준을 산정하기 위하여 위 시가 중 2008 내지 2012 사업연도에 대응하는 부분을 익금에 산입하기 위해서는 위 시가에 화폐의 시간가치를 반영하여 과세기간인 2008 내지 2012 사업연도의 이 사건 각 건축물의 가격을 추산할 필요가 있다고 보았다.

 

즉 원심은 해당 사업연도에 원고가 토지 임대료의 일부로 받은 것으로 의제되는 이 사건 각 건축물의 시가는 토지사용기간 만료 시의 이 사건 건축물들의 시가를 상당한 이율에 의한 중간이자 공제를 통하여 각 해당 사업연도의 현재가치로 할인한 금액으로 봄이 타당하다고 판단한 것이다.

 

그러나 중간이자 공제는 장래손해에 대해 현재 일시배상을 명하는 경우와 같이 장래의 가치를 현재가치로 환산하기 위한 것인데, 현재 취득한 이 사건 각 건축물의 가치를 소급하여 각 사업연도에 안분하면서 중간이자를 공제하게 되면 오히려 원고가 취득한 이 사건 각 건축물의 가치가 모두 익금에 산입되지 못하는 문제가 발생하는 것이 아닌가 하는 의문이 남는다.

 

이에 대해 대법원은

① 기업회계기준에서는 금전채권 또는 금전채무에 관하여 이를 현재가치로 평가하여 명목가액과 현재가치의 차액을 현재가치할인차금으로 계상하는 규정을 두고 있으나 이 사건 각 건축물의 토지사용기간 만료 시 가액은 해당 시점의 잔존가치를 감정을 통하여 평가한 금액으로서 기업회계기준에 따른 현재가치 평가의 대상이 아닌 점,

 

② 법인세법에서 현재가치 평가는 기업회계기준을 인정하는 규정이 별도로 존재하는 경우에 한하여 그와 같은 기준이 허용될 수 있는데 법인세법에 그에 대한 현재가치 평가를 인정하는 규정이 없는 점,

 

③ 만일 원심과 같이 ‘토지사용기간 만료 시 이 사건 각 건축물의 시가를 중간이자 공제를 통하여 해당 사업연도의 현재가치로 할인한 금액’을 기준으로 각 사업연도의 익금에 산입할 임대료를 계산할 경우 중간이자로 공제된 금액 상당을 추가로 각 사업연도의 익금에 산입하지 않는 이상 해당 금액이 과세대상에서 누락되고, 전체 토지사용기간의 임대료로서 각 사업연도의 익금에 산입된 금액을 합산한 금액도 원고가 취득할 당시 이 사건 각 건축물의 시가에 미달하게 되는 점 등을 근거로,

 

원고의 각 사업연도 법인세 과세표준을 산정할 때에는 토지사용기간 만료 시 이 사건 각 건축물의 시가 자체를 전체 토지사용기간 중 해당 사업연도에 속하는 기간의 비율로 안분한 금액을 임대료로 보아 익금에 산입해야 한다고 판단하였다.

 

법인세법에 별도의 규정이 있는지 여부와 관계없이 현재가치를 평가함에 있어 중간이자를 공제해야 할 경우도 있을 수 있으나 이 사건은 중간이자를 공제할 사안은 아닌 것으로 보이므로 대법원의 결론은 타당한 것으로 보인다.

 

나. 부가가치세 과세표준 산정방법

 

한편, 대법원은 “부가가치세법 제13조 제1항 본문 및 제1, 2호에 따르면 사업자가 임대용역을 공급하고 임대료를 일부는 금전으로 나머지는 금전 이외의 것으로 받은 경우 그 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 임대료로 받은 금전에 임대용역 중 금전 이외의 것과 대가관계가 있는 부분의 시가를 더한 금액이라고 보아야 한다(대법원 2011. 6. 30. 선고 2008두18939 판결 참조)”는 기존 판례를 재확인하였다.

 

따라서 원고가 이 사건 실시협약에 따라 이 사건 임차인들로부터 금전으로 토지 임대료를 지급받는 것 이외에 토지사용기간 만료 후에 이 사건 각 건축물의 소유권을 취득하는 것도 토지 임대료의 후불지급에 해당되고, 이와 같이 토지 임대용역 일부의 대가로 금전을, 나머지 부분의 대가로 금전 이외의 대가인 이 사건 각 건축물을 수취하는 경우, 구 부가가치세법제13조 제1항 제1, 2호의 규정 취지상 부가가치세의 과세표준은 각 과세기간별로 당해 과세기간에 원고가 금전으로 지급받은 임대료에 원고가 같은 기간 실제로 공급한 토지 임대용역 중 이 사건 각 건축물과 대가관계에 있는 부분의 시가를 합산한 금액이 된다고 할 것이다.

 

 

[프로필] 김용주 법률사무소 런 대표변호사

• (현)사단법인 한국프로스포츠협회 감사
• (전)사단법인 한국프로배구연맹 감사
• (현)법률신문 판례해설위원
• 고려대학교 대학원 석사과정 수료(행정법 전공)
• The University of British Columbia, School of Law(Visiting Scholar in Taxation)

 

 

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