[전문가칼럼] 입주권 비과세 적용시 주의점

(조세금융신문=이재홍 세무사) 1. 개요

주택을 소유하던 거주자가 해당 주택이 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 관리처분계획의 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 사업시행계획인가에 따라 입주권으로 변환된 후 해당 입주권을 양도하는 경우로 일정요건을 충족하는 경우 양도일 현재 주택이 아니지만 비과세된다(소법 89조 ① 4호).

2. 적용대상 입주권

비과세되는 입주권은 일반적으로 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 관리처분계획의 인가에 따라 취득하는 재개발‧재건축에 따른 입주권이 그 대상이다. 다만, 2018년 2월 9일 이후 기존건물과 부수토지를 제공하고 취득하는 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 소규모재건축사업 및 2022년 1월 1일 이후 취득하는 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 자율주택정비사업, 가로주택정비사업 또는 소규모재개발사업에 따른 입주권도 비과세 대상에 포함된다.

3. 비과세되는 입주권의 보유 및 거주요건

입주권이 비과세 되기 위해서는 입주권으로 전환되기 전 주택이 다음의 날 현재 기준으로 보유(거주)요건을 충족해야 한다. 다만, 관리처분계획인가일 현재 1주택을 보유한 경우에 한정되지는 않는다(기획재정부재산-394, 2010.4.28.)

1) 원칙: 관리처분계획인가일등 현재로 판단

「도시 및 주거환경정비법」에 따른 관리처분계획의 인가에 따라 취득하는 재개발‧재건축의 경우에는 관리처분계획인가일, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 소규모재건축사업 등의 경우에는 사업계획승인일 현재 비과세 요건을 충족하는 주택이어야 한다.

즉, 관리처분계획인가일등 현재 2년 이상 보유한 주택이어야 하고, 2017년 8월 3일 이후 조정대상지역에 취득한 주택의 경우에는 거주기간 2년도 충족한 주택이어야 한다.

2) 예외: 미철거 주택의 경우 철거일 및 퇴거일 현재로 판단

관리처분계획인가일등 이후에도 멸실되지 않고 주택이 미철거 상태로 있더라도 법적으로는 입주권임에는 틀림이 없다. 다만, 관리처분계획인가일등 이후에도 미철거 주택으로서 실제 거주하는 주택에 대해서 보유기간은 철거일(사실상 철거일 이전에 폐가 상태에 있는 경우에는 당해 주택에서 실제 거주한 자가 퇴거일)까지로 계산하고, 거주기간을 계산하는 경우에는 전입일부터 당해 주택에서 실제 거주한 자가 퇴거한 날까지 기간을 계산한다.

4. 양도일 현재 주택 요건

양도일 현재 “다른 주택”을 보유하지 않아야 하고, 2022년 1월 1일 이후 양도분부터는 분양권(2022.1.1.이후 취득하는 분양권에 한함)도 보유하지 않아야 하는 요건이 추가되었다.

“다른 주택”의 범위에 대하여 다음의 경우를 제외하고는 원칙적으로 모두 다른 주택에 해당하여 입주권 비과세가 되지 않는다고 보아야 한다. 특히, 상속주택, 임대주택사업자의 거주주택, 이농‧귀농주택, 문화재주택은 주택을 양도시 「소득세법 시행령」 제155조에서 1세대 1주택 비과세특례가 적용되는 주택이지만, 입주권 양도시에는 「소득세법」 제89조 제1항 제4호의 입주권 비과세특례에서 “다른 주택”에 해당하여 비과세가 되지 않음에 특히 주의하여야 한다.

① 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 보유한 경우(분양권을 보유하지 아니하는 경우로 한정)로서 해당 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도하는 경우에는 양도 당시 주택을 보유하고 있어도 비과세 된다.

② 다른 주택에는 「조세특례제한법」상 특례주택(조특법 97조, 97조2, 98조, 98조의2, 98조의3, 98조의5, 98조의6, 98조의7, 98조의8, 99조의2, 99조의3, 99조의4)을 제외한다. 즉, 해당 주택을 보유하고 있는 경우에도 입주권 비과세가 가능하다.

③ 「소득세법 시행령」 제155조의 1세대 1주택 특례 중 동거봉양합가의 경우(국심 2006서3136, 2006.12.4.) 및 혼인으로 인한 합가(서면부동산 2015-1200, 2015.8.27., 조심 2010서 1322, 2010.12.20.)의 경우에는 다른 주택에 해당하지 않아 입주권 비과세가 가능하다고 보고 있다.

④ 사업용 재고자산인 주택(주택신축판매업자 및 부동산매매업자의 주택)은 다른 주택에 해당하지 않아 입주권 양도시 보유하고 있더라도 입주권 비과세가 가능하다.

5. 고가 입주권 판단시 납입기일 미도래 분담금 포함여부

12억원을 초과하는 입주권에 대해서는 비과세가 배제되며, 양도차익 중 12억원을 초과하는 금액에 대해 과세된다. 12억원을 초과하는 고가입주권인지 판정시 납입기일이 도래하지 않은 추가분담금은 양도가액에 포함하지 않는다. 따라서 양도계약서상 납입기일이 미도래한 추가분담금이 포함된 경우 해당 금액을 제외하고 12억원 초과 고가입주권인지를 판단해야 한다.

6. 고가입주권 양도시 장기보유특별공제

고가입주권 양도시 장기보유특별공제는 취득일부터 관리처분계획인가일등 까지의 양도차익에 대해서만 적용되며, 관리처분계획인가일등 이후부터 양도일까지의 차익에 대해서는 장기보유특별공제가 배제하도록 「소득세법」 제95조를 개정하여 2013년 1월 1일 이후 양도분부터 적용하고 있다.

실무를 하다보면 이미 관리처분계획인가 등이 이뤄져 입주권으로 전환되었으나, 아직 주택이 멸실되지 않은 경우로 분양계약도 이뤄지지 않은 경우 양도계약서상 입주권의 양도가 아닌 주택의 양도로 잘못 표시된 경우를 볼 수 있다.

자칫 매매계약서만 보고 입주권비과세가 아닌 주택의 비과세를 적용하여 장기보유특별공제를 전체 양도차익에 대해 적용하는 실수를 할 수있다. 결과적으로 관리처분계획인가일 이후의 양도차익에 대해 장기보유특별공제를 배제하여 기획감사시에 거액이 추징될 수 있어 주의를 하여야 한다. 따라서 관리처분되었으나 멸실전인 경우 납세자가 입주권 양도라고 말하지 않더라도 매매계약서의 특약사항에 입주권에 관한 내용이 있는지, 등기부등본의 (을)구에 조합에 신탁된 내용이 있는지 등을 검토하여야 한다.

7. 겸용주택의 보유로 취득한 조합원입주권을 양도하는 경우 비과세 범위 및 안분

전체 양도가액이 12억원 이하인 입주권이고 종전 부동산이 겸용주택으로서 주택부분이 주택외의 부분보다 큰 경우에는 전체를 주택으로 보아 비과세한다.

다만, ① 전체 양도가액이 12억원 이하인 입주권이지만 종전 부동산이 겸용주택으로 주택외의 부분이 주택부분 보다 큰 경우와 ② 2022년 1월 1일 이후 양도하는 전체 양도가액이 12억원을 초과하는 고가입주권의 경우로서 종전 부동산이 겸용주택인 경우 주택부분만 비과세 된다.

이 경우 주택부분과 주택외의 부분의 비과세여부 및 장기보유특별공제율 적용이 상이하므로 복잡하지만 양도차익을 따로 안분계산을 하여야 한다. 이때 주택과 주택 외의 건물의 양도가액 구분이 불분명한 때에는 기존건물과 그 부수토지의 평가액에 의하여 안분 계산한다(재산-1120, 2009.12.28.).

8. 신규 입주권이 주택으로 완공된 후 조합원 입주권 양도한 경우

최근 유권해석에 따르면 조합원입주권을 1개 보유한 1세대(관리처분계획의 인가일 현재 1세대1주택 비과세 요건을 충족하는 기존주택을 소유하는 세대)가 새로운 조합원입주권을 취득하여 그 조합원입주권이 해당 1주택으로 완공된 후 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도하는 경우 입주권 비과세 특례를 적용한다(기획재정부재산-50, 2023.1.10.).

9. 부수토지가 증가한 경우

조합원입주권 상태에서 양도하는 경우에는 관리처분계획으로 분양계약한 신축주택의 부수토지면적이 종전주택 부수토지에 비하여 증가하더라도 증가한 부수토지에 대한 별도의 비과세 요건을 갖출 필요 없이 입주권 비과세특례가 적용된다. 반면 종전주택이 재개발‧재건축 등으로 신축주택이 된 후 양도하는 경우 신축주택의 부수토지가 종전주택의 부수토지와 비교하여 증가했다면 증가한 부수토지에 대해서는 새로이 보유요건(거주요건)을 충족해야 1세대1주택 비과세가 가능한 것과 차이가 있다.

10. 2개의 주택이 1조합원입주권으로 전환된 경우 양도소득세 과세여부

1세대가 2년 이상 보유하고 있는 2개의 주택 전부가 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재개발사업지역에 포함되어 1조합원입주권을 취득하여 보유하다가 해당 1조합원입주권을 양도하는 경우 또는 해당 1조합원입주권을 양도하기 전에 새로운 1주택을 취득하고 취득한 날부터 3년 이내에 해당 1조합원입주권을 양도하는 경우 종전 2개의 주택 중 당해 거주자가 선택한 주택(부수토지 포함) 이외의 주택(부수토지 포함)의 양도차익 상당액에 대하여는 양도소득세가 과세된다(서면법령해석재산 2015-1770, 2016.1.22.).

11. 1+1 입주권을 받아서 같은 날 양도하는 경우 비과세 판정 방법

주택을 소유하던 거주자가 해당 주택이 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 관리처분계획의 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 사업시행계획인가에 따라 2개의 입주권을 취득한 경우(1+1 입주권)로서 같은 날 2개의 입주권을 양도하는 경우 거주자의 선택에 따라 1개의 입주권만 비과세 된다(부동산거래관리-20, 2013.1.17.).