[전문가 칼럼] 임대주택 사업자의 거주주택 비과세 특례 적용시 주의사항

(조세금융신문=이재홍 세무사) 2011년 10월 14일 이후 양도하는 분부터 임대주택공급 활성화 유도를 위해 임대주택외 거주용 자가주택 소유자가 해당 거주주택(2년 이상 거주)을 양도하는 경우 1세대 1주택 양도소득세 비과세를 적용한다(소령 155 ⑳～). 특례 적용 여부에 따라 세액 차이가 아주 큰 만큼 다음의 사항에 주의하여야 한다.

1. 임대주택사업자의 거주주택 비과세 특례 요건

1) 임대주택 요건

세무서에 사업자등록과 시·군 또는 구청에 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣에 따른 임대사업자등록을 한 장기임대주택의 요건을 갖춘 임대주택이어야 한다.

2019년 2월 12일 이후 주택 임대차계약을 갱신하거나 새로 체결하는 분부터는 임대료(임대보증금) 증가율이 5% 이하일 것의 요건을 추가하였다.

2020년 8월 18일 이후부터 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조에 따라 등록을 신청(임대할 주택을 추가하기 위해 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함)한 민간임대주택에 대해서 의무임대기간 10년을 적용한다.

2) 거주주택 요건

보유기간과 거주기간(취득시 조정대상지역인지 불문)이 모두 2년 이상이어야 한다. 이때 거주기간 계산은 자가주택 취득일로부터 양도일까지 기간 중 거주한 기간은 모두 통산한다. 다만 직전거주주택보유주택의 경우에는 2015년 2월 3일 이후 양도분부터 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조에 따라 임대주택사업자로 등록한 날 이후의 거주기간을 말한다.

2. 상생임대주택은 2년 이상 거주하지 않아도 거주주택으로 인정됨

1세대가 주택을 취득한 후 해당 주택에 대하여 임차인과 체결한 직전임대차계약(해당 주택의 취득으로 임대인의 지위가 승계된 경우의 임대차계약은 제외) 대비 임대보증금 또는 임대료의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않는 임대차계약(“상생임대차계약”)을 2021년 12월 20일부터 2024년 12월 31일까지의 기간 중에 체결(계약금을 지급받은 사실이 증빙서류에 의해 확인되는 경우로 한정한다)하고 임대를 개시한 경우 상생임대주택은 2년 이상 거주하지 않았어도 「소득세법 시행령」 제155조 제20항의 거주주택으로 보아 특례를 적용한다.

이때 직전임대차계약에 따라 임대한 기간이 1년 6개월 이상이고, 상생임대차계약에 따라 임대한 기간이 2년 이상이어야 한다.

3. 거주주택이 입주권으로 전환된 상태에서 양도시 특례 적용 여부

거주주택이 재개발 재건축 등으로 인하여 입주권으로 전환된 상태에서 양도하는 경우 거주주택 비과세 특례가 적용되지 않는다. 실무상 흔한 오류는 관리처분계획인가후에 멸실되기 전에 거주주택을 양도하면서 비과세 특례를 적용하는 경우이다. 관리처분인가후에는 주택의 멸실 여부와 상관없이 입주권으로 전환되었으므로 특례가 적용되지 않음에 유의하여야 한다.

즉, ｢소득세법｣ 제94조 제1항 제1호에 규정된 토지와 건물과 별도로 같은 항 제2호 가목에서 ‘부동산을 취득할 수 있는 권리’로 규정하고 있어, 그에 대한 비과세 규정 역시 같은 법 제89조 제1항 제3호에서 규정하고 있는 ‘주택에 대한 1세대 1주택 비과세’와 달리 입주권 비과세규정에서 그 요건 등을 규정하고 있는 점 등에 비추어 쟁점입주권 양도에 대하여 비과세를 적용하지 아니한다(조심 2019서3806, 2019.12.17.).

4.장기임대주택이 조합원입주권으로 전환된 후 거주주택 양도시 비과세 특례 규정 적용 여부

장기임대주택이 ｢도시 및 주거환경정비법｣ 제48조에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위(조합원입주권)로 전환된 이후 거주주택을 양도하는 경우에도 1세대 1주택 비과세 특례 규정을 적용된다(서면부동산 2017-313, 2017.7.19.). 위 3.의 경우 거주주택이 입주권으로 전환된 경우와 혼동해서는 안된다.

5. 임대주택이 자동말소·자진말소된 경우 거주주택의 양도기한

거주주택 비과세 특례는 거주주택 양도시점에 임대주택이 이미 의무임대기간을 충족했더라도 원칙적으로 사업자등록을 하고 임대주택으로 등록된 상태를 유지하고 있어야 적용된다.

다만, 2020년 8월 18일 이후 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 개정에 따라 폐지되는 유형인 단기임대주택(4년)과 장기임대 아파트의 경우 자동말소, 자진말소(의무임대기간의 1/2 이상 임대)의 경우에는 등록 말소일로부터 5년이내 거주주택을 양도시 비과세 특례를 적용한다.

한편, 재개발·재건축 등으로 멸실되어 직권말소된 후에 거주주택을 양도하는 경우에는 자진말소 및 자동말소와 달리 비과세혜택을 준다는 규정이 없어 비과세가 적용되지 않는다(서면법규재산 2021-6402, 2022.3.28.). 따라서 의무임대기간의 1/2 이상을 임대한 경우에는 재개발·재건축 등으로 멸실되어 직권말소 되기 전에 자진말소를 할지 검토해 보아야 한다.

6.자진말소 또는 자동말소 후 거주주택 특례 요건 준수 여부

장기임대주택이 자진말소 또는 자동말소된 후 거주주택 특례 요건을 계속 준수하지 않더라도 5년 이내 거주주택을 양도하는 경우 특례 적용이 가능하다.

즉, ㉠ 장기임대주택에 전입·거주하여 장기임대주택을 임대하고 있지 않은 상태에서 거주주택을 양도하는 경우 ㉡ 거주주택 양도일까지 장기임대주택의 임대료 증액상한(5%)을 준수하지 않은 경우 ㉢ 거주주택 양도일까지 장기임대주택의 세무서 사업자등록을 유지하지 않은 경우에도 특례 규정이 적용된다(기획재정부재산-151, 2022.1.24.).

7. 2주택자가 1채를 임대주택으로 등록하고 거주용 자가주택 양도 후, 임대주택을 의무임대기간을 충족한 후 1세대 1주택 상태에서 양도하는 경우

거주주택을 양도하여 비과세특례를 적용받고, 임대주택을 의무임대기간 충족 후에 1세대 1주택 상태로 양도하는 경우 임대주택에 대해서 1세대 1주택으로서 요건을 충족한 경우 양도소득세 비과세를 적용받을 수 있다. 다만, 주의할 점은 거주주택 양도일 이후에 발생한 양도차익분에 대해서만 비과세를 받는다. 따라서 임대주택을 양도하면서 비과세를 적용하는 경우 종전에 거주주택 비과세특례를 적용받은 적이 있는지 반드시 체크해야 한다.

8. 특례 적용 선택 가능 여부

거주주택과 임대주택을 소유한 자가 거주주택을 특례를 적용받아 비과세 받은 후 마지막 남은 임대주택에 대해서도 비과세가 가능하다. 다만, 위 7.에서 보는 바와 같이 해당 임대주택은 거주주택 양도일 이후의 양도차익만 비과세 된다. 따라서 거주주택의 양도차익보다 임대주택의 양도차익이 큰 경우에도 특례 적용을 강제한다면 오히려 납세자에게 불리해질 수 있다.

차라리 거주주택에 대해 특례를 적용하지 않아 과세로 양도소득세를 납부하고, 임대주택에 대해서는 전체 보유기간 양도차익에 대해 1세대 1주택 비과세 받는 것이 유리할 수 있다.

그러나 국세청 유권해석은 「소득세법 시행령」 제155조 제20항 특례 요건이 충족된 경우 거주주택은 비과세 1세대 1주택으로 취급되며, 이후 양도하는 임대주택 양도차익은 거주주택 양도일 이후분에 한해 1세대 1주택 취급된다고 해석하고 있다. 즉 거주주택 비과세 특례는 선택할 수 없고 강제로 적용된다고 보고 있다(사전법령해석재산 2019-201, 2019.9.23.).

다만, 개인적 의견으로는 일반적인 비과세는 납세자의 선택 여부에 상관없이 강행규정이라지만 임대주택사업자의 거주주택 비과세 특례는 임대주택 활성화를 위한 “특례”이므로 오히려 특례가 납세자에게 불리한 경우 특례를 포기하는 것도 가능한 것으로 해석하는 것이 합리적으로 보인다.

9. 2019년 2월 12일 이후 취득분부터 생애 한 차례만 적용하는 것으로 개정됨

2019년 2월 12일 이후 취득분부터 장기임대주택을 보유하고 있는 경우에는 생애 한 차례만 거주주택을 최초로 양도하는 경우에 한정한다. 다만, 2019년 2월 12일 현재 거주하고 있는 주택과 2019년 2월 12일 전에 거주주택을 취득하기 위해 계약금을 지급한 사실이 확인되는 주택은 종전 규정을 적용한다.

이때 특히 주의할 점은 “2019년 2월 12일 이후 취득의 경우 생애 한번”만 적용한다는 의미는 2019년 2월 12일 이후 취득분만을 대상으로 한 번을 의미하는 것이 아니라 종전에 특례를 적용받은 횟수까지도 포함하여 생애 한번을 의미한다(기획재정부재산-192, 2020.2.18.). 즉, 2019년 2월 12일 이후 취득분부터는 과거에 특례를 적용받지 않은 경우에 한하여 평생 1번만 특례를 적용한다. 따라서 2019년 2월 12일 이후 취득분을 양도하는 경우에는 과거에 특례를 적용받은 적이 있는지 반드시 체크하여야 한다.

10. 2019년 2월 12일 전 장기임대주택을 보유하지 않은 상태에서 거주주택 취득 목적으로 분양권을 취득한 경우 부칙(대통령령 제29523호, 2019.2.12.) 적용 여부

2019년 2월 12일 현재 거주하고 있는 주택과 2019년 2월 12일 전에 거주주택을 취득하기 위해 계약금을 지급한 사실이 확인되는 주택은 종전 규정을 적용한다.

그런데 2019년 2월 12일 전 장기임대주택을 보유하지 않는 상태에서 새로운 주택을 취득하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 「주택분양권」은 거주주택 비과세 종전 규정(횟수 제한 없이 비과세)을 적용받을 수 없다고 보고 있다(서면법령해석재산 2020-1464, 2021.3.8.).

11. 분양권 상태에서 임대등록한 경우 부칙(대통령령 제29523호, 2019.2.12.) 적용 여부

분양권 상태에서 임대등록하여 2019년 2월 12일 이후 완공되어 임대개시한 장기임대주택을 보유하는 경우에는 부칙에 따른 종전규정(횟수 제한 없이 비과세)을 적용한다(서면법규재산 2022-3027, 2023.7.31.).

12. 미성년자가 상속받은 장기임대주택이 민간임대주택법상 등록 불가시 거주주택 비과세 적용 여부

장기임대주택과 그 밖의 1주택을 소유한 피상속인이 사망하여 미성년자인 상속인이 해당 주택들을 상속받았으나, 「민간임대주택에 관한 특별법」상 임대사업자 등록을 하지 못한 상태에서 그 밖의 1주택을 양도하는 경우에는 「소득세법 시행령」 제155조 제20항은 적용되지 않는다(기획재정부재산-194, 2023.2.2.). 참고로 미성년자는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조의6에 따라 주택임대사업자로 등록할 수 없다.