(조세금융신문=김종규 기자) 조세심판원은 쟁점주택에 대하여 소급하여 매입임대주택으로 등록해줬으므로 청구인아파트 양도 당시 쟁점주택이 민간임대주택에 관한 특별법 제5조에 따른 임대주택으로 등록되어 있지 않았다고 보기 어렵다고 판단했다. 이에 따라 심판원은 처분청이 청구인아파트의 양도가 1세대1주택의 양도가 아니라고 보아 과세한 양도소득세 부과처분은 잘못이라는 심판결정례를 내놓았다.
심판결정처분개요에 따르면 청구인은 2016.8.19. 000, 201호(대체주택)를 취득하고 2016.11.10. 000 501호(청구인아파트)를 000원에 양도한 후, 이 건 대체주택에 대해서는 소득세법 시행령 제155조 제1항의 일시적 2주택 특례규정을, 배우자 채000이 2007.1.10. 취득하여 보유하고 있는 000, 402호(쟁점주택) 외 11개호에 대해서는 소득세법 시행령 제155조 제19항의 장기임대주택 특례규정을 각각 적용하여 이 건 청구인아파트의 양도가 1세대1주택의 양도에 해당한다는 전제아래 소득세법 제95조 제3항 및 같은 법 시행령 제160조 제1항의 고가주택에 대한 양도차익 계산 규정 등을 적용하여 2016년 귀속 양도소득세 000원을 신고·납부하였다.
한편 처분청은 국세청장으로부터 이 건 청구인아파트 양도 당시 쟁점주택이 민간임대주택에 관한 특별법(2015.8.28. 법률 제13499호로 전부개정된 것.) 제5에 따른 민간임대주택으로 등록되어 있지 않아 소득세법 시행령 제155조 제19항의 장기임대주택에 해당하지 않는다는 감사결과를 통보받고, 이 건 청구인아파트 양도가 1세대3주택(청구인아파트), 쟁점주택(대체주택)에 해당하는 주택의 양도에 해당하는 것으로 보아 고가주택에 대한 양도차익 계산 규정의 적용을 배제하는 등 2019.2.27. 청구인에게 2016년 귀속 양도소득세 000원을 경정·고지하였다.
청구인은 이에 불복, 2019.5.16. 심판청구를 제기하였다.
청구인에 의하면 배우자는 2007.10.4. 처분청에게 쟁점주택 외 11호 전부를 종합부동산세 합산배제 임대주택으로 신고하였고, 이에 따라 처분청 역시 쟁점주택 외 11호가 종합부동산세 과세다상이 아니라고 보고 종합부동산세를 결전 고지하지 않았다가 쟁점주택이 소득세법 시행령 제155조 제19항 제2호의 장기임대주택이 아니라고 하녀 과세한 이 건 처분은 처분청이 한 선행행위에 반하는 부당한 처분이라고 주장했다.
또 청구인은 배우자는 2018년 9월경 000구청장으로부터 쟁점주택이 임대주택으로 등록되지 않았다는 사실을 통보받고 000구청 담당자를 찾아가 2007.4.24. 쟁점주택 외 11호 전체에 대하여 임대사업자등록을 한 사실, 6명의 가족이 이 건 청구인아파트 등에서 거주한 사실, 쟁점주택에 대한 사업자등록을 신고납부해온 사실 등을 설명하자, 000구청은 자신들의 업무착오를 인정하고 2018.9.13. 직권으로 쟁점주택을 매입임대주택으로 등록해 준 것인데도 처분청이 이를 000구청장의 근거 없는 행정이라고 덧붙였다.
처분청에 의하면 청구인아파트 양도 당시 쟁점주택이 민간임대주택에 관한 특별법 제5조에 따른 민간임대주택으로 등록된 사실이 없는 점에 대해서는 청구인 역시 인정하고 있는 사실이므로 청구인 세대가 청구인아파트 양도 당시 쟁점주택 및 이 건 대체주택을 보유한 것으로 보아 과세한 처분은 정당하다는 의견이다.
또 청구인은 배우자가 000구청장에게 쟁점주택 외 11호 전부에 대해서 임대주택으로 등록 신청하였다고 주장하나, 이 같은 주장을 입증할만한 어떠한 증빙도 제출한 사실이 없고 배우자는 이 건 처분 전까지 000구청에 어떠한 주장도 하지 않다가 이 건 처분이 예상되자 이를 피하기 위하여 000구청에 쟁점주택을 소급하여 임대주택으로 등록하여 줄 것을 요청한 것이며 000구청장이 착오를 인정하여 쟁점주택을2007.4.24.
자로 소급하여 임대주택으로 등록하여 주었다고 하나 이는 오히려 아무런 근거 없이 이루어진 행정처분이므로 쟁점주택이 2007년부터 임대주택으로 등록되어 있었다고 인정하기 어렵다는 의견을 냈다.
조세심판원은 배우자각 2007.4.24. 000구청장에게 임대사업자 등록을 하고 13년이 넘는 기간 동안 쟁점주택 외 11호 전부를 임대하면서 매년 사업장현황신고를 하여왔고 종합부동산세 합산배제 신고를 하여 쟁점주택에 대한 종합부동산세를 결정·고지 받은 사실이 나타나지 않는 점으로 보아 임대사업자 등록 당시 000구청의 업무상 착오로 쟁점주택만이 매입임대주택목록에서 빠진 것이라는 청구인의 주장에 신빙성이 있어 보이고 000구청장 또한 청구인의 이러한 주장을 인정하여 쟁점주택에 대하여 2007.4.24.자로 소급하여 매입임대주택으로 등록해주었으므로 이 건 청구인아파트 양도 당시 쟁점주택이 민간임대주택에 관한 특별법 제5조에 따른 임대주택으로 등록되어 있지 않았다고 보기 어렵다고 판단했다.
이에 따라 심판원은 쟁점주택을 양도할 목적으로 의도적으로 임대주택으로 등록하지 않았다는 처분청의 의견은 하나의 추정일 뿐 명확한 근거가 있다고 보기 어려우므로 처분청이 청구인아파트의 양도가 1세대1주택의 양도가 아니라고 보아 과세한 이 건 양도소득세 부과처분은 잘못이 있는 것으로 심리판단, 취소결정(조심 2019서2133, 2020.11.04.)을 내렸다.
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